<div dir="ltr">Hi Johannes<div><br></div><div>I tried your input and it runs fine, I did not get any segmentation fault.</div><div>As expected two output files are written, one per kind, with the MSD </div><div>For kind 2:</div><div><p style="font-size: 12px; font-family: 'Andale Mono'; color: rgb(41, 249, 20); background-color: rgb(0, 0, 0);">      0       0.000        0.0000000000        0.0000000000        0.0000000000        0.0000000000</p>
<p style="font-size: 12px; font-family: 'Andale Mono'; color: rgb(41, 249, 20); background-color: rgb(0, 0, 0);">       1       1.000        0.0000202689        0.0000306356        0.0000178320        0.0000687364</p>
<p style="font-size: 12px; font-family: 'Andale Mono'; color: rgb(41, 249, 20); background-color: rgb(0, 0, 0);">       2       2.000        0.0000739085        0.0001240880        0.0000741001        0.0002720966</p>
<p style="font-size: 12px; font-family: 'Andale Mono'; color: rgb(41, 249, 20); background-color: rgb(0, 0, 0);">       3       3.000        0.0001532087        0.0002815130        0.0001712799        0.0006060016</p>
<p style="font-size: 12px; font-family: 'Andale Mono'; color: rgb(41, 249, 20); background-color: rgb(0, 0, 0);">       4       4.000        0.0002589779        0.0005096011        0.0003126593        0.0010812382</p><div><br></div><div>Kind regards</div><div>Marcella</div><div><br></div><br>On Monday, August 3, 2015 at 4:08:09 PM UTC+2, Johannes Wagner wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><br><br>Here are my input files:<br><br>runtime_cp2k is the main input<br>ref0.xy contains the reference coordinates<br>reftraj.xyz contains the trajectory from a previous run.<br><br>all I get is a segmentation fault and I am not sure where to look for the error..<br><br><br>Am Montag, 3. August 2015 14:22:33 UTC+2 schrieb Johannes Wagner:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Marcella,<br><br>I figured that, finding<br>REF0_FILENAME <br>under &MSD<br><br>however the error remains the same.<br>What format do both, the REF0 and the trajectory, need to have? both are XMOL in my case, one containing the entire trajectory, the other only the first step<br>like this <br><br>ref0.xyz<br>      Cryst x<br> i =        0, time =        0.000, E =       -16.1066791009<br>  O         4.4494725764        0.8609855793        6.0981987308<br>  O         3.8029095709        2.7229831166        4.5699381898<br>  O         4.0118989226        2.7023681308        1.2194938263<br>  O         6.0462348498        3.2953089592        5.9203028333<br>  O         3.2241009956        5.5031225318        4.3400008035<br>..<br>..<br><br><br><br><br>Am Montag, 3. August 2015 11:23:12 UTC+2 schrieb Marcella Iannuzzi:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi<p>The MSD calculation with REFTRAJ needs a <br>Reference coordinates file</p><p>Regards</p><p>Marcella </p><p></p><p></p></blockquote></div></blockquote></div></blockquote></div></div>