<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Dear Teo,<br></div>If you don't mind could you please tell me how to select a Glycine residue in the QM part?<br></div>As you told, and I have seen in literature, that cutting a polar or amide bond is not a good idea.<br>But then, for Gly I can have two options, CA-C and CA-N bonds to cut.<br></div>Would you please comment on this?<br><br></div>Thanks,<br></div>Tarak<br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Aug 3, 2015 at 10:21 AM, Teodoro Laino <span dir="ltr"><<a href="mailto:teodor...@gmail.com" target="_blank">teodor...@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><span class=""><br><div><blockquote type="cite"><div>On 01 Aug 2015, at 09:49, tarak karmakar <<a href="mailto:tarak...@gmail.com" target="_blank">tarak...@gmail.com</a>> wrote:</div><br><div><span style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;float:none;display:inline!important">Distribute this excess charge in the MM part, does that mean I need to adjust the charges of the MM atoms in the .psf file to make my system neutral?</span></div></blockquote></div><br></span><div>Yes</div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5">

<p></p>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+uns...@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
Visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k</a>.<br>
For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" target="_blank">https://groups.google.com/d/optout</a>.<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br></div></div>