<div dir="ltr"><div><div><div>I think I have got the clue to the charge related issue. <br></div>First thing I missed is one oxygen with a charge of -0.51. <br></div><div>Now, the total charge in my classical system is +1.68.<br></div>I checked in literature and found out that Gly, Ala, and Pro residues can not be cut up to CA, rather one should select the entire residue by using a backbone cut. In my system, there are two Gly residues that I selected up to the CA atom. If I add the N and HN of these residues the total classical charge is coming out to be +2.00. <br></div><div></div><div><br><br></div><div>Regards,<br></div><div>Tarak<br></div><div><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 31, 2015 at 10:04 PM, tarak karmakar <span dir="ltr"><<a href="mailto:tarak...@gmail.com" target="_blank">tarak...@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>Dear All,<br></div>I am trying to study an enzymatic reaction of an enzyme using CP2K. While running the QM/MM simulation I notice the following,<br><br> CHARGE_INFO| Total Charge of the Classical System:                     1.170000<br> DFT| Charge                                                                  -2<br><br></div>From an old post<br><a href="https://groups.google.com/forum/#!searchin/cp2k/charge$20QM$2FMM/cp2k/1BGZ2N3fSKc/J9E5HjI1o4cJ" target="_blank">https://groups.google.com/forum/#!searchin/cp2k/charge$20QM$2FMM/cp2k/1BGZ2N3fSKc/J9E5HjI1o4cJ</a><br> I realize that the user should take care of the non-integer charge, if it is there. <br clear="all"><div><div><div><br></div><div>In my system, the reaction substrates in the active site have a total -2 charge while the surrounding amino acids are all neutral. Thus in the DFT section I have mentioned the following,<br>&DFT<br>     CHARGE -2<br>     BASIS_SET_FILE_NAME  ./GTH_BASIS_SETS<br>     POTENTIAL_FILE_NAME  ./GTH_POTENTIALS<br><br></div><div>I have checked my .psf file, and the sum of all the atomic charges of the system is zero.<br></div><div><br></div><div>So, my query is whether the partial charge arises due to the inappropriate selection of amino acid fragments in the QM region? <br></div><div>I would appreciate if someone could help me in this issue.<br><br></div><div>Thanks,<br></div><div>Tarak<br></div></div></div></div>
</blockquote></div><br></div></div>