<div dir="ltr"><div><div><div>Thanks Teo for the quick reply and suggestion.<br></div><div>What would you recommend for the GLY residue?<br></div><div>Is a cut in the CA-C bond a good choice for GLY?<br></div><div><br></div>In my system, I have two consecutive residues CYS 99 and GLY 100 in the active site which I need to include in the QM part. <br>Now, what I did as of now is, I cut a bond <br>i) between N of Ser 98 (previous residue) and CA of CYS 99.<br></div></div>ii) between CA of GLY 100 and C of GLY 100<br><div><div><br>While I do the above, I have got a non-integer charge of +1.68 for the classical part. <br></div><div>I calculated the sum of the atomic charges (atoms I selected for the QM part) and got +0.32.<br><br>-----------------------------------------------------------------------------------<br>    2707  99  CYS  CA   CT1    0.070000       12.0110           0<br>    2708  99  CYS  HA   HB1    0.090000        1.0080           0<br>    2709  99  CYS  CB   CT2   -0.110000       12.0110           0<br>    2710  99  CYS  HB1  HA2    0.090000        1.0080           0<br>    2711  99  CYS  HB2  HA2    0.090000        1.0080           0<br>    2712  99  CYS  SG   S     -0.230000       32.0600           0<br>    2713  99  CYS  HG1  HS     0.160000        1.0080           0<br>    2714  99  CYS  C    C      0.510000       12.0110           0<br>    2715  99  CYS  O    O     -0.510000       15.9990           0<br></div><div>------------------------------------------------------------------------------------------Total= 0.16<br></div><div>    1043 100  GLY  CA   CT2   -0.020000       12.0110           0<br>    1044 100  GLY  HA1  HB2    0.090000        1.0080           0<br>    1045 100  GLY  HA2  HB2    0.090000        1.0080           0<br>    1046 100  GLY  C    C      0.510000       12.0110           0<br>    1047 100  GLY  O    O     -0.510000       15.9990           0<br></div><div>----------------------------------------------------------------------------------- Total = 0.16<br></div><div><br></div><div>The total charge in the QM part is -2.<br><br></div><div>So, I will get an excess charge of +0.32 (or opposite, -0.32) from the atoms described in the QM part, right?<br></div><div>Distribute this excess charge in the MM part, does that mean I need to adjust the charges of the MM atoms in the .psf file to make my system neutral?<br></div><div><br><br></div><div>Thanks,<br></div><div>Tarak<br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Aug 1, 2015 at 12:35 PM, Teodoro Laino <span dir="ltr"><<a href="mailto:teodor...@gmail.com" target="_blank">teodor...@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Be careful at the region where you are cutting the aminoacid. Cutting at the amide bond can be tricky because of the highly polarised bond.<div>Better to cut between CA and CB, i.e. cut a bond that is not highly polarised.</div><div><br></div><div>Regarding the charge, you’ll get an excess charge that correspond to the opposite of the sum of the classical charges of your QM atoms.</div><div>You can just modify your FF file to distribute the corresponding excess charge to the whole MM system.</div><div><br></div><div><br><div><blockquote type="cite"><div><div class="h5"><div>On 01 Aug 2015, at 08:16, tarak karmakar <<a href="mailto:tarak...@gmail.com" target="_blank">tarak...@gmail.com</a>> wrote:</div><br></div></div><div><div><div class="h5"><div dir="ltr"><div><div><div>I think I have got the clue to the charge related issue. <br></div>First thing I missed is one oxygen with a charge of -0.51. <br></div><div>Now, the total charge in my classical system is +1.68.<br></div>I checked in literature and found out that Gly, Ala, and Pro residues can not be cut up to CA, rather one should select the entire residue by using a backbone cut. In my system, there are two Gly residues that I selected up to the CA atom. If I add the N and HN of these residues the total classical charge is coming out to be +2.00. <br></div><div></div><div><br><br></div><div>Regards,<br></div><div>Tarak<br></div><div><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 31, 2015 at 10:04 PM, tarak karmakar <span dir="ltr"><<a href="mailto:tarak...@gmail.com" target="_blank">tarak...@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>Dear All,<br></div>I am trying to study an enzymatic reaction of an enzyme using CP2K. While running the QM/MM simulation I notice the following,<br><br> CHARGE_INFO| Total Charge of the Classical System:                     1.170000<br> DFT| Charge                                                                  -2<br><br></div>From an old post<br><a href="https://groups.google.com/forum/#!searchin/cp2k/charge$20QM$2FMM/cp2k/1BGZ2N3fSKc/J9E5HjI1o4cJ" target="_blank">https://groups.google.com/forum/#!searchin/cp2k/charge$20QM$2FMM/cp2k/1BGZ2N3fSKc/J9E5HjI1o4cJ</a><br> I realize that the user should take care of the non-integer charge, if it is there. <br clear="all"><div><div><div><br></div><div>In my system, the reaction substrates in the active site have a total -2 charge while the surrounding amino acids are all neutral. Thus in the DFT section I have mentioned the following,<br>&DFT<br>     CHARGE -2<br>     BASIS_SET_FILE_NAME  ./GTH_BASIS_SETS<br>     POTENTIAL_FILE_NAME  ./GTH_POTENTIALS<br><br></div><div>I have checked my .psf file, and the sum of all the atomic charges of the system is zero.<br></div><div><br></div><div>So, my query is whether the partial charge arises due to the inappropriate selection of amino acid fragments in the QM region? <br></div><div>I would appreciate if someone could help me in this issue.<br><br></div><div>Thanks,<br></div><div>Tarak<br></div></div></div></div>
</blockquote></div><br></div></div><div><br></div></div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+uns...@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
Visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k</a>.<br>
For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" target="_blank">https://groups.google.com/d/optout</a>.<br>
</font></span></div></blockquote></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">

<p></p>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+uns...@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
Visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k</a>.<br>
For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" target="_blank">https://groups.google.com/d/optout</a>.<br>
</font></span></blockquote></div><br><br></div></div>