<div dir="ltr">Hello all,<br><br>I was wondering if it was possible to calculate the mean square displacement per kind during an MD run and I found REFTRAJ in the reference.<br>However, if I understand it correctly, I need to already have a trajectory for REFTRAJ, is that correct? So basically, do a normal MD, save the trajectory and restart the run, pointing to the Trajectory.<br><br>But can I somehow calculate the MSD per Kind in regular intervals with a fresh MD run simultaniously? So calculating the MSD every 10 steps or so with reference to the input structure and have an ouput file printed for that?<br><br>Thanks for any hints, best regards,<br>Johannes<br></div>