<div dir="ltr">Dear cp2k users.<div><br></div><div>I would like to run QM/MM calculation using CP2K code.</div><div>I need to cut covalent bonds in my system, which requires usage of link atoms.</div><div><br></div><div>I am not sure, if I understood correctly the way how to specify them (section LINK).</div><div><br></div><div>The keywords are:</div><div>QM_INDEX --> should that be the index of QM atom at the QM / MM boundary.</div><div>MM_INDEX --> index of MM atom at the QM / MM boundary</div><div>QM_KIND --> type of link atom substituting MM atom specified by MM index.</div><div><br></div><div>Is that right?</div><div><br></div><div>Are there other 'tricky things' that need to be specified? For example, does it matter which bonds (i.e., C - C, C - N,..) are cut, or the code will adjust that automatically? </div><div><br></div><div>Thanks in advance for reply.</div><div><br></div><div>Vojtech.</div></div>