<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Just some random thoughts about the temperature,</div><div><br></div><div>Regarding your input geometry you have,</div><div>One proton alone (!)</div><div>One water molecule</div><div>two molecules which I'm guessing is your "membrane"</div><div><br></div><div>You should transform your proton as hydronium or zungel cation especially if your membrane is hydrated. </div><div>Also you should solvate your membrane along the axis you want:</div><div><br></div><div>Along X/Y : membrane only (like it's now, but maybe add some water)</div><div>Along Z: water-membrane-water-proton-water</div><div><br></div><div>Maybe this will work better (solvated condition and not void) or not but that is what I would try next</div><div><br></div><div>Also MD can't overcome more than KbT barrier (over short time) so if your proton doesn't move a lot (just vibration motion) or not in the "path you want", try to lean towards biased MD.</div><div><br></div><div>Kind regards,</div><div>Rolf</div><div><br><br>On Wednesday, June 24, 2015 at 8:23:34 PM UTC+2, Linda Sundarti wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><div>Dear cp2k expert,<br><br>I'm newbi user cp2k, I get the problem with my MD simulation. <br>I have run MD simulation to get proton conductivity or proton transition in hydrated membrane, but I get some problems which are the proton can not move (translation motion was not occur), just vibration motion that occured. <span lang="en"><span>On the other hand, the tempertaur becomes increase high, </span></span><span lang="en"><span>whereas I used ensemble NVT. I make condition in the constant temperature, number of particle and volume. </span></span><br><br>From my problem, is there any mistake in my input file so I don't get the transition of proton and the constant of temperature?<br> Is there specific keyword in input file in MD simulation to get it? <br>I hope anybody can help me to make it clear and better. My goal simulation is make transition of proton and the constant of <span lang="en"><span>temperature, number of particle and volume. </span></span>I attach my input and output file below.<br><br>Any suggestions are appreciate. Thank you.<br><br><br>Regards,<br>Linda<br><br></div><div><br></div></div></blockquote></div></div>