<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div>the SPIN-DENSITY cube file places the spin density within the box dimensions that you give it going from 0-L where L is that lattice vector you give in each direction. The atoms, however, are not centered in the box by default, but just are where you put them.<div><br></div><div>Using VMD to visualize these file I use "pbc wrap" to move the atoms back into the same cell as the spin-density. Other codes probably have a similar option. Or you CENTER_COORDINATES in the topology section or otherwise ensure all atoms are in the main supercell box.</div><div><br></div><div>Matt<br><br>On Tuesday, June 16, 2015 at 8:51:32 AM UTC+1, Rizwan Nabi wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Hi CP2K users and developers<div>I am trying to do geometry optimization of my complex system and after obtaining SPIN_DENSITY_CUBE FILE, the spin density is shifted away from complex itself only a part of the spin density is retained on the central metal ion. Is there any problem with my input file? Any solution to the issue? </div><div>Here I am attaching my input file and snapshot of the spin density plot.</div><div><br></div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div><br></div><div>Rizwan</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div></blockquote></div></div>