<div dir="ltr"><div>Hallo Everybody,<br><br><br>I have a problem to make model and MD input file for my case "make proton transport to the molecule membran" by cp2k, then I plan use VMD to make <span style="direction: ltr;" class="gt-card-ttl-txt">visualization of that simulation.<br>I have been try to make MD simulation of my case, but I still get mode vibration motion. </span><span style="direction: ltr;" class="gt-card-ttl-txt">Whereas, my goal is making proton can transport in membran by jumping or diffuse mechanism.<br><span class="gt-baf-back"></span>  <br></span></div><div></div><div>Anybody, please suggest me how to make  model or MD input file or RUN_TYPE for result that case.<br></div><div><br></div><div>Thankyou.</div><div><br></div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Linda<br>Institut Teknologi Sepuluh Nopember Surabaya-Indonesia<br></div></div>