<div dir="ltr"><div>Hi all,</div><div><br></div><div>I am using thermodynamic integration to compute free energy change and, finally, I will obtain the pka (acid constant). To </div><div><br></div><div>get the MD trajectory of intermediate states between initial and final states, I am using mixed type calculation of the </div><div><br></div><div>two end states. In the two force_eval sections corresponding to two end states, I have to impose different restraints of some colvars. Let us use the reaction H3O+ ---> H2O + H as an example. To describe the deproton of the H3O+, it needs to obtain the free energy of this reaction. Considering to the computation cost, one often use the 5-point simpson rule to calculate the deltA. Furthermore, the charge of H atom is swithch off as a "dummy" atom. And then, the averages of vertical energy gaps are calculated over the restrained mapping Hamiltonian: H = (1-k)HR + kHP + Vr(HR is the hamiltonian of reactant and HP is the hamiltonian of product, Vr is restrained harmonic potential). However, Some confusions are available:</div><div>1) How did I set the H atom as a dummy atom?</div><div>2) I have written a input file. Does anybody have experience about this?</div><div><br></div><div>Ning </div></div>