<div dir="ltr">The temperature  comes from the wrong geometry I guess.<div><br></div><div>For the geometry, you can use avogadro (v1 and free of charge), you'll get an xyz, and after your can do a geo_opt / vibrational analysis and then your md with the restart (i'm assuming starting the MD with a minimum or at least close to it)</div><div><br></div><div>For chemsketch or chembiooffice, I don't know them, you can try to do geo_opt in CP2K with their structure. I you can post  a image of what your input structure look like in theses (maybe mine is tearing the structure apart)</div></div>