<div dir="ltr">Thanks so much for your response. I found my mistake in the input. I wrongly assumed that the atoms were numbered from 0, not 1. This should be expected as CP2K is written in FORTRAN, not C or Python. <div><br></div><div>Regarding restarting:</div><div>I am unsure of exactly what happens during a restart. By restart, I actually mean continuing the simulation from the last MD step, if I decide that I want more. </div><div>If I need to add:<br></div><div>&EXT_RESTART<br></div><div>  RESTART_METADYNAMICS </div><div>&END EXT_RESTART</div><div>Do I need to include RESTART_POS, RESTART_VEL in the &EXT_RESTART section? Would I also need to modify the SCF_GUESS (&DFT/&SCF/SCF_GUESS RESTART)?<br></div><div><div><br></div><div>If I leave the input the same, and simply launch CP2K with the read_restart option, will it simply run the same simulation again, starting from the last step or will it say the simulation is over because it completed all of the requested MD steps?<br></div></div><div><br></div><div>Thanks again!</div><div><br></div></div>