<div dir="ltr"><div dir="ltr">Thanks for the quick answer. I don't know how I could not think of post-processing the fes.dat. <div><br></div><div>Yes, it does not change the shape, but makes it easier for me to visualise alternative routes between the two wells and a third one that I actually observed in a trajectory. I will have to redefine the CV's anyways for a second run, I think.</div><div><br></div><div>Cheers for the great answer, I marked the topic as finished</div><div><br></div><div>Raphael<br><br>On Wednesday, April 15, 2015 at 11:36:17 AM UTC+2, Teo wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">if I understand correctly your question.. the answer is no: fes does not do this automatically.. but you can always post-process the cartesian grid into whatever other system of coordinates you like. <div><br></div><div>Still, I do not understand why the shape of the two (cartesian VS spherical) will be different.. think of the function:</div><div><br></div><div>SQRT(x^2+y^2)=1</div><div><br></div><div>the curve is identical if you plot it in the x,y coordinate system or in the polar (r, theta) one..</div><div><br></div><div>If you think of some way of separating the wells (based on your current results), very probably you’ll have to re-define the CV space and this cannot be done at posteriori.. </div><div><br></div><div>Teo</div><div><br></div><div><div><blockquote type="cite"><div>On 15 Apr 2015, at 10:40, Raphael Peltzer <<a rel="nofollow">rapha...@gmail.com</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>for one of my Metadynamics runs I was able to explore starting and end configuration, but now that the product conformation well is filling up, these become overlapping in the FES plot as they are quite close in the CV space (unexpectedly). Is it possible to use the fes.sopt to plot in polar coordinates?</div><div><br></div><div>I expect this to separate the wells enough and thus to be able to evaluate the reaction path. Or will those overlapping coordinates in the METADYNAMICS run yield a false impression of the results displayed in polar coordinates?</div><div><br></div><div>Kind regards,</div><div><br></div><div>Raphael Peltzer</div></div><div><br></div>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a rel="nofollow">cp2k+...@googlegroups.com</a>.<br>
To post to this group, send email to <a rel="nofollow">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
Visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k" rel="nofollow" target="_blank">http://groups.google.com/<wbr>group/cp2k</a>.<br>
For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" rel="nofollow" target="_blank">https://groups.google.com/d/<wbr>optout</a>.<br>
</div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div></div></div>