<div dir="ltr">Hi all,<div><br></div>I'm working on a QM/MM calculation<br>I use as coord/topology/FFparamaters a amber12 restart/prmtop.<br><br><div>Everything is nice, except a :<br><br> *** Unknown element for KIND <OP>. This problem can be fixed specifying *** <br> *** properly elements in PDB or specifying a KIND section or getting in *** <br> *** touch with one of the developers! ***<br><br>Of course I have OP Kind in my MM and QM parts (in amber: name OP, type OP, element 8)<br></div><div>(Also another SM Kind only in my MM part, i did the same as OP)</div><div><br></div><div>So, I put a :</div><div><br>&KIND OP<br> ELEMENT O</div><div>&END KIND</div><div> </div><div>In the Subsys section, also I have :</div><div><br></div><div>&KIND O<br></div><div> BASIS_SET 6-31Gxx</div><div> POTENTIAL ALL</div><div>&END KIND</div><div><br></div><div>So everything went smoothly according to plan, and suddenly, I decided to change a part:</div><div><br></div><div><div>&KIND OP<br> ELEMENT O</div><div> BASIS_SET 6-31++Gxx</div><div> POTENTIAL ALL</div><div>&END KIND</div></div><div><br></div><div>and by reading the output all oxygens (O Element) are treated as 6-31Gxx</div><div>I change the order (&Kind O after &Kind OP) no luck.</div><div><br></div><div>How kind/type/element from amber interact with CP2K ?</div><div><br></div><div>I suppose the &KIND in the &SUBSYS are linked to the &QM_KIND in the &QMMM part, only for QMMM atoms ?</div><div><br></div><div>KIND OP exists only amber parm/rst file, so I needed to declare the element -> For the MM part.</div><div><br></div><div>But since in my &QMMM part, I only have &QM_KIND O for all my oxygens, putting a basis/potential for OP has no effect so I have to declare a &QM_KIND OP.</div><div>By putting &QM_KIND OP, the &KIND OP basis part worked.</div><div><br></div><div>What about atom type (amber type, amber name, so complicated...) like for TIP3P water, O is the name, and OW is the type</div><div>in the &QMMM part I have :<br><br></div><div>&MM_KIND OW<br> RADIUS 0.78<br>&END MM_KIND</div><div><br></div><div>It will be applied only to MM atoms, of amber type OW ?</div><div><br></div><div>&KIND correspond to amber name or amber type or both or whatever it feels like it ?</div><div><br></div><div>Confirmations or corrections will be &KINDly appreciated.</div><div><br></div><div>Thanks.</div><div><br></div><div><br></div></div>