<div dir="ltr">I'll try. I need to take one faulty AA and put it in TIP3P water.<div><br></div><div>I think the problem is the H of the backbone (linked to the nitrogen backbone) in my AA (homemade parameters made with MCPB) is negative. So there should be a attraction between this H and one from the TIP3P solvent. But this didn't occurred in the amber MD. The H is around 3/4A from any other Hs from solvent (and no H-bonding with a O from solvent).</div><div>In ambermd when the H come too close (ie 2.5/2 A), there is a repulsion so they don't get dangerously close and eventually merge like in CP2K.</div><div><br></div><div>From my point of view it's like the H from TIP3P doesn't exist (just a charge, there is no vdw for H in TP3P), because geom wrong is from the H from the backbone and the O from water.</div><div><br></div><div>So possibilities:</div><div>I redo the charge by restraint the backbone charge in my metal center from standard amber (H positive) (but why it worked in amber md and not cp2k ?)</div><div>I put a fictious very weak wdv for the HW from TIP3P to avoid 'collision/merging' (again why ambermd and not cp2k ?)</div><div><br></div><div>I guess my param are wrong but same question why ambermd is working and not cp2k. Maybe it's in the amber side and cp2k is working as attended.</div><div><br></div><div>I'll try to strat from different points from the amberMD simulation production run, to see if eventually there is a merging in all cp2k calculations.</div><div><br></div><div>I'll keep you posted (and I'm open for more ideas !) for the small system.</div><div><br></div><div><br>On Thursday, February 5, 2015 at 2:21:17 PM UTC+1, Teo wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div style="word-wrap:break-word">Can you reproduce that with a small system (i.e. ~ 30 atoms) ?<div><br><div><blockquote type="cite"><div>On 05 Feb 2015, at 12:48, Rolf David <<a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="SLPoypum0YYJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">rolf...@gmail.com</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr">Hi everyone. <div><br></div><div>I have a system (protein in a water box) and I encoutered problems in MM only (via FIST) in CP2K (periodic box)<div><br></div><div>I first used xleap to prep my files, run a minimization, a heating, a equilibration a production run (around 150ns). Everything was fine with amber12 (pmemd)</div><div><br></div><div>After I switched to CP2K (2.5.1) with FIST using amber restart, topology parameters, I run into a problem around 600fs. </div><div><br></div><div>One H of the solvent (TIP3P water) slowly goes near and collides/merges with a H from the backbone of my protein and so go to geom wrong, emax_spline too small.</div><div><br></div><div> I checked FF_INFO and FF_PARAMETERS everything seems in order. When I do the DO_NONBOND keyword to true, the merging didn't append (but other problems).</div></div><div><br></div><div>I wonder how CP2K handles VdW and Electrostatic. The Electrostatic seems to win.</div><div><br></div><div>Anybody have ideas ? Do you want more infos ?</div><div><br></div><div>Thanks for every hints you can give me.</div><div><br>Rolf</div></div><div><br></div>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="SLPoypum0YYJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">cp2k+uns...@googlegroups.<wbr>com</a>.<br>
To post to this group, send email to <a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="SLPoypum0YYJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
Visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='http://groups.google.com/group/cp2k';return true;" onclick="this.href='http://groups.google.com/group/cp2k';return true;">http://groups.google.com/<wbr>group/cp2k</a>.<br>
For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='https://groups.google.com/d/optout';return true;" onclick="this.href='https://groups.google.com/d/optout';return true;">https://groups.google.com/d/<wbr>optout</a>.<br>
</div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div></div>