<div dir="ltr">Hi Marcella,<div><br></div><div>Thanks a lot for the prompt reply! </div><div>As you suggested, switching from AD_LANGEVIN to NOSE solved the issue. I do not strictly need to use an adaptive Langevin thermostat for my calculations, but I chose it so that I made only one choice between my different calculations (QM/MM md have Langevin), and also because a colleague of mine was using AD_LANGEVIN for a very similar (although unconstrained) system.</div><div>The system I'm trying to simulate is silica crack tip under tensile load with water molecule(s) in the gap (hence constrained atoms at the boundary) at constant temperature</div><div><br></div><div>The thermostat causing the issue also explains why the RMS displacement of constrained atoms is about one order of magnitude smaller than the unconstrained ones. May it be just a velocity of the Langevin part of the AD_LANGEVIN thermostat slipping through the code and producing the bug? </div><div><br></div><div>Best regards, </div><div><br></div><div>Marco</div><div><br>On Wednesday, 14 January 2015 07:34:46 UTC, Marcella Iannuzzi  wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"> Hi <div><br></div><div>the MD with constraints works fine for me, in both the NVE and the NVT ensemble with a standard thermostat.</div><div>The AD_LANGEVIN thermostat gives problems, instead, and it is possibly not working properly with such constraints.</div><div>Why are you using this thermostat? </div><div>Kind regards</div><div>Marcella<br><br>On Tuesday, January 13, 2015 at 5:20:28 PM UTC+1, Marco Caccin wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear all,<div><br></div><div>I am trying to run Quickstep MD with some fixed atoms positions (set in MOTION / CONSTRAINT / FIXED_ATOMS), but the positions do change over time.</div><div>Curiously enough, constrained atoms have zero velocity at frame 0 and zero force at every timestep, which would suggest that the constraint is somehow applied but ineffective.</div><div><br></div><div>This behaviour seems to be machine and version independent:</div><div>tested cp2k versions: 2.7 (Development Version) git: 0826abf, 2.6 (Development Version) svn:14226, 2.5.1 svn:13632 </div><div>tested architectures/compilers: gfortran 4.8 on Darwin for cp2k 2.7, xlf 14.1 on BlueGene/Q for cp2k 2.5 and 2.6</div><div><br></div><div>The attachments are a minimal example of the problem, showing 5 timesteps of dynamics of 3 atoms of Si of which atom 1 is (or rather, should be) fixed.</div><div><br></div><div>Is this problem known, and is there any workaround? I know there is for GEO_OPT runs as in <a href="https://groups.google.com/forum/#!topic/cp2k/KAMhME81IbM" target="_blank" onmousedown="this.href='https://groups.google.com/forum/#!topic/cp2k/KAMhME81IbM';return true;" onclick="this.href='https://groups.google.com/forum/#!topic/cp2k/KAMhME81IbM';return true;">https://groups.google.com/<wbr>forum/#!topic/cp2k/KAMhME81IbM</a><wbr>, but I haven't found anything applicable to MD</div><div><br></div><div>Kindest regards,</div><div><br></div><div>Marco</div><div><br></div></div></blockquote></div></div></blockquote></div></div>