<div dir="ltr">Dear All, <br><br>Please someone reply if you have any clue about this. I will be very thankful . <br><br>Thank you <br><br>regards-<br>Pankaj Mishra<br><br>On Friday, 12 December 2014 17:22:33 UTC+1, Pankaj Mishra  wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Dear all,<br><br>I am trying to use shake for bulk simulation via DFT.  Suppose
 i am trying to fix bond for water molecules, then how 
can i fix the  distance between oxygen and hydrogen of water? I mean do i
 need to define bond for each bonded atom pair separately for distance 
in  COLVAR ? Is there some way to define molecule? For DFT calculation, i
 am just using atom ID (O or H) and its positions in random order. I am trying with  <big>               <a href="http://manual.cp2k.org/cp2k-2_2-branch/CP2K_INPUT/MOTION/CONSTRAINT.html" target="_blank" onmousedown="this.href='http://www.google.com/url?q\75http%3A%2F%2Fmanual.cp2k.org%2Fcp2k-2_2-branch%2FCP2K_INPUT%2FMOTION%2FCONSTRAINT.html\46sa\75D\46sntz\0751\46usg\75AFQjCNF5FK1kzQ2ZJyZh3cFSSb-8Sk1BWQ';return true;" onclick="this.href='http://www.google.com/url?q\75http%3A%2F%2Fmanual.cp2k.org%2Fcp2k-2_2-branch%2FCP2K_INPUT%2FMOTION%2FCONSTRAINT.html\46sa\75D\46sntz\0751\46usg\75AFQjCNF5FK1kzQ2ZJyZh3cFSSb-8Sk1BWQ';return true;">CONSTRAINT</a> /
               <a href="http://manual.cp2k.org/cp2k-2_2-branch/CP2K_INPUT/MOTION/CONSTRAINT/COLLECTIVE.html" target="_blank" onmousedown="this.href='http://www.google.com/url?q\75http%3A%2F%2Fmanual.cp2k.org%2Fcp2k-2_2-branch%2FCP2K_INPUT%2FMOTION%2FCONSTRAINT%2FCOLLECTIVE.html\46sa\75D\46sntz\0751\46usg\75AFQjCNHQIDF3FGsZt5zWwJgJ4eSG5pH3Rw';return true;" onclick="this.href='http://www.google.com/url?q\75http%3A%2F%2Fmanual.cp2k.org%2Fcp2k-2_2-branch%2FCP2K_INPUT%2FMOTION%2FCONSTRAINT%2FCOLLECTIVE.html\46sa\75D\46sntz\0751\46usg\75AFQjCNHQIDF3FGsZt5zWwJgJ4eSG5pH3Rw';return true;">COLLECTIVE</a></big> but there are confusions, like how to define molecule as we don,t need to give bond and angle information in CP2K for DFT calculation. Here i am attaching my input file. I hope that will help you to understand my problem.    <br>I hope for some suggestions. <br><br>Thank you so much<br><br>Regards <br>Pankaj Mishra<br></div></blockquote></div>