<div dir="ltr">Dear all,<br><br>I am trying to use shake for bulk simulation via DFT.  Suppose
 i am trying to fix bond for water molecules, then how 
can i fix the  distance between oxygen and hydrogen of water? I mean do i
 need to define bond for each bonded atom pair separately for distance 
in  COLVAR ? Is there some way to define molecule? For DFT calculation, i
 am just using atom ID (O or H) and its positions in random order. I am trying with  <big class="uctt">               <a href="http://manual.cp2k.org/cp2k-2_2-branch/CP2K_INPUT/MOTION/CONSTRAINT.html">CONSTRAINT</a> /
               <a href="http://manual.cp2k.org/cp2k-2_2-branch/CP2K_INPUT/MOTION/CONSTRAINT/COLLECTIVE.html">COLLECTIVE</a></big> but there are confusions, like how to define molecule as we don,t need to give bond and angle information in CP2K for DFT calculation. Here i am attaching my input file. I hope that will help you to understand my problem.    <br>I hope for some suggestions. <br><br>Thank you so much<br><br>Regards <br>Pankaj Mishra<br></div>