<div dir="ltr">Dear Pankaj, Ari and Marco,<br><br>I'd also like to fix a bond during a MD (DFT) run (not the absolute atomic positions). I tried to specify CP2K_INPUT / MOTION / CONSTRAINT / COLLECTIVE and CP2K_INPUT / FORCE_EVAL / SUBSYS / COLVAR by following an expample from regtest /Fist/regtest-12/water_3_dist_2.inp.<br><br>However, the calculation always crashes with an error:<br><br> *<br> *** 12:16:30 ERRORL2 in topology_input:read_constraints_section processor  ***<br> ***      0  err=-300  condition FAILED at line 561                         ***<br> *<br><br> ===== Routine Calling Stack =====<br><br>            3 topology_control<br>            2 quickstep_create_force_env<br>            1 CP2K<br> CP2K| condition FAILED at line 561<br> CP2K| Abnormal program termination, stopped by process number 0<br><br><br>Could you please give me some hint on this issue? I put my input file below. Thanks in advance!<br><br>Best Regards<br><br>Wei<br><br>input <br><br>&FORCE_EVAL<br>  METHOD QUICKSTEP<br>  &DFT<br>    BASIS_SET_FILE_NAME ./GST.qbs<br>    POTENTIAL_FILE_NAME ./GTH_POTENTIALS<br>    &MGRID<br>      CUTOFF 300<br>    &END MGRID<br>    &QS<br>      EPS_DEFAULT 1.0e-12<br>      EXTRAPOLATION ASPC<br>      EXTRAPOLATION_ORDER 0<br>      MAP_CONSISTENT<br>    &END QS<br>    &SCF<br>      EPS_SCF 1.0e-7<br>      MAX_SCF 40<br>      MAX_SCF_HIST 2<br>      &OT ON<br>        MINIMIZER DIIS<br>        PRECONDITIONER FULL_KINETIC<br>        ENERGY_GAP 0.002<br>        STEPSIZE 0.0875<br>      &END OT<br>      &OUTER_SCF ON<br>        MAX_SCF 800<br>        EPS_SCF 1.0e-7<br>      &END OUTER_SCF<br>      SCF_GUESS RANDOM<br>#     SCF_GUESS HISTORY_RESTART<br>    &END SCF<br>    &XC<br>      &XC_FUNCTIONAL PBE<br>      &END XC_FUNCTIONAL<br>    &END XC<br>  &END DFT<br>  &SUBSYS<br>    &CELL<br>      ABC   18.62463  18.62463  18.62463<br>    &END CELL<br>    &COORD<br> Ge 10.0 10.0 10.0  bond<br> Te 13.0 10.0 10.0  bond<br>    &END COORD<br>    &COLVAR<br>      &DISTANCE<br>        ATOMS 1 2<br>      &END DISTANCE<br>    &END COLVAR<br>    &KIND Ge<br>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q4<br>      POTENTIAL GTH-PBE-q4<br>    &END KIND<br>    &KIND Te<br>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q6<br>      POTENTIAL GTH-PBE-q6<br>    &END KIND<br>  &END SUBSYS<br>&END FORCE_EVAL<br>&GLOBAL<br>  PREFERRED_FFT_LIBRARY FFTW<br>  PRINT_LEVEL LOW<br>  PROJECT GeTe.md<br>  RUN_TYPE MD<br>&END GLOBAL<br><br>&MOTION<br>  &MD<br>    ENSEMBLE LANGEVIN<br>    STEPS    20<br>    TEMPERATURE  1100<br>    TIMESTEP 2.0<br>    &LANGEVIN<br>      GAMMA 4.0E-3<br>      NOISY_GAMMA 3.5E-5<br>    &END LANGEVIN<br>  &END MD<br>  &CONSTRAINT<br>    &COLLECTIVE<br>      MOLNAME  bond<br>      COLVAR 1<br>    &END COLLECTIVE<br>    &COLLECTIVE<br>      MOLNAME  bond<br>      COLVAR 2<br>    &END COLLECTIVE<br>  &END CONSTRAINT<br>&END MOTION<br><br>On Friday, May 30, 2014 2:18:07 PM UTC+2, Pankaj Mishra wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Dear Ari and Marco,<br><br>Thank you so much. It was helpful.<br><br>with regards--<br><br>Pankaj<br><br>On Saturday, 24 May 2014 13:00:05 UTC+2, Ari Paavo Seitsonen  wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13.513513565063477px">Dear Pankaj Mishra,</span><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13.513513565063477px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13.513513565063477px">  You can do it during molecular dynamics using section<br><br>CP2K_INPUT / MOTION / CONSTRAINT / COLLECTIVE</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13.513513565063477px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13.513513565063477px">and specifying it in</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13.513513565063477px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13.513513565063477px">CP2K_INPUT / FORCE_EVAL / SUBSYS / COLVAR</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13.513513565063477px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13.513513565063477px">  During geometry optimisation ("GEO_OPT") it is not possible to constraint a bond exactly, but one can work with RESTRAIN and make the condition be _almost_ fulfilled.</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13.513513565063477px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13.513513565063477px">  The FIXED_ATOMS works only if the bond to be fixed is along one Cartesian axis and the specific coordinate along the direction of the bond can be fixed; this is usually not possible, but it depends on your system.</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13.513513565063477px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13.513513565063477px">    Greetings from Zurich,</div><div><br></div><div>       apsi</div><br>Le vendredi 23 mai 2014 11:17:44 UTC+2, Pankaj Mishra a écrit :<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear All,<br><br>I am wondering whether it is possible to fix  a particular bond distance in molecule while using quickstep. <br>For example: I have a H2O molecule and i want to fix 1 OH bond length to some particular value. Then treat the molecule with DFT (rather than MM with force field). <br><br>Please suggest if you have some idea.<br><br>Thank you so much<br><br><br></div></blockquote></div></blockquote></div></blockquote></div>