<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I think it should be feasible to do this without changes to the code. In your DFTB calculation, find the Slater-Koster parameter file for Carbon, should be something like '<font face="courier new, monospace">cc.spl</font>', make three copies of that file '<font face="courier new, monospace">cx.spl</font>', '<font face="courier new, monospace">xc.spl</font>', '<font face="courier new, monospace">xx.spl</font>'. Then edit the file that assigns parameters to atoms ('<font face="courier new, monospace">scc_parameter</font>' ?), it contains a list of what spl file to use for which interaction. Add the following lines:</div><div><font face="courier new, monospace">  C   X  cx.spl</font></div><div><font face="courier new, monospace">  X   C  xc.spl</font></div><div><font face="courier new, monospace">  X   X  xx.spl</font></div><div>(the C C interaction should already be there).</div><div><br></div><div>You can then replace your two desired carbons in graphene by atoms of type X, and tune their interaction by modifying the <font face="courier new, monospace">xx.spl</font> file. In the simplest case, set all columns to zero to turn off all interactions. You can also scale the interaction, or turn off orbital-specific components.</div><div>X atoms will still behave like C atoms to other C atoms.<br><div><br></div><div>See my slides from the cp2k tutorial for details on setting up a dftb calculation and on the format of the .spl files.</div><div>    <a href="http://ralph.koitz.info/doc/dftb_cp2k.pdf">http://ralph.koitz.info/doc/dftb_cp2k.pdf</a><br></div></div><div><br></div><div>Hope that helps,</div><div>Ralph</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Nov 5, 2014 at 4:35 PM, Rafael Soler-Crespo <span dir="ltr"><<a href="mailto:rasole...@gmail.com" target="_blank">rasole...@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>I'm trying to perform a calculation to replicate a MD paper on CP2K using DFTB to see if the findings still hold (out of curiosity). In this paper, a crack is imposed on graphene by removing explicitly atoms from the material. I want to do this a little differently by turning off interactions between two neighboring carbon atoms. My system has around 7000 carbon atoms, and I want to forcefully zero any interactions between two adjacent C atoms. I searched around the documentation, but I couldn't find a great way to do this. Is it possible for someone to let me know if this is possible in CP2K, and if it is not, if it could be coded in principle?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Rafael</div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">

<p></p>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+uns...@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
Visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k</a>.<br>
For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" target="_blank">https://groups.google.com/d/optout</a>.<br>
</font></span></blockquote></div><br></div>