<div dir="ltr">Ah, OK - can you read an NPT simulation into VMD in general? If it loads and you can "get pbc" at different frames in the tkconsole, then it is a limitation of the rdf code.<div><br></div><div>Matt<br><div><br>On Tuesday, August 26, 2014 11:32:42 PM UTC+1, bharat wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Hello Matt,<div><br><div>Thank you for your reply. Let me make it more clear. When I perform NVT simulations, I have no problem using PBC on VMD, meaning that my DCD file is OK.. For NPT calculation, since it changes volume every step, VMD does not able to read DCD to calculate RDF. I don't find many people doing constant pressure MD using CP2K. Does DCD file we get from CP2K from NPT calculation have no problem? DCD file is in binary format, we are not able to read.</div><div><br></div><div>Bharat<br><br>On Tuesday, August 26, 2014 4:57:18 PM UTC-4, Matt W wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Not to be awkward, but - this is two questions:</div><div><br></div><div>(I) the vmd question should go to the vmd forum </div><div><br></div><div>(II) The semi-empirical angle I can't answer.</div><div><br></div><div>I think in (i) that vmd doesn't gracefully handle variable box simulations...</div><div><br></div><div>Matt</div><br>On Tuesday, August 26, 2014 3:36:33 PM UTC+1, bharat wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello cp2k experts,<div><br></div><div>I am trying to perform NPT_F (NPT with flexible cell) simulations for 64 water molecules using semiempirical methods. VMD gives error to calculate radial distribution function using PBC.</div><div><br></div><div>Does anyone perform constant pressure simulation using CP2K? How to calculate RDF using PBC on VMD? I did not find people using perform NPT calculation on discussion forum except 1 or 2. Can anyone provide sample input for such calculation?</div><div><br></div><div>Thank you.</div><div><br></div><div>Sincerely,</div><div>Bharat Sharma</div></div></blockquote></div></blockquote></div></div></div></blockquote></div></div></div>