<div dir="ltr"><div>Not to be awkward, but - this is two questions:</div><div><br></div><div>(I) the vmd question should go to the vmd forum </div><div><br></div><div>(II) The semi-empirical angle I can't answer.</div><div><br></div><div>I think in (i) that vmd doesn't gracefully handle variable box simulations...</div><div><br></div><div>Matt</div><br>On Tuesday, August 26, 2014 3:36:33 PM UTC+1, bharat wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Hello cp2k experts,<div><br></div><div>I am trying to perform NPT_F (NPT with flexible cell) simulations for 64 water molecules using semiempirical methods. VMD gives error to calculate radial distribution function using PBC.</div><div><br></div><div>Does anyone perform constant pressure simulation using CP2K? How to calculate RDF using PBC on VMD? I did not find people using perform NPT calculation on discussion forum except 1 or 2. Can anyone provide sample input for such calculation?</div><div><br></div><div>Thank you.</div><div><br></div><div>Sincerely,</div><div>Bharat Sharma</div></div></blockquote></div>