Dear All,<div><br></div><div>I am running MD simulation test on 64 water molecules and 64 water with one proton systems with CP2K/Quickstep. For 64 water molecules, the program went well, however for 64 water molecules with on proton, it returned error. Please find the attached input file "p-H2O_64_BLYP_300K.inp". This file was based on the test file of H2O-64.inp at the ..cp2k/test/QS/benchmark directory of CP2K program. I changed the CHARGE to 1 to adapt the excess proton, the rest of settings were the same as the input file of neutral 64-H2O molecules. </div><div><br></div><div>The version of CP2K I used is 2.3. The CPU information is Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2665 0 @ 2.40GHz, and the total memory is 32 GB available. I use 24 cores in one node for this test. The reported error are shown below,</div><div><br></div><div><br></div><div><div>[proton17:42359] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42359] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42359] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42359] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42357] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42357] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42357] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42357] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42364] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42364] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42364] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42364] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42366] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42366] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42366] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42366] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42371] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42371] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42371] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42371] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42376] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42376] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42376] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42376] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42377] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42377] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42377] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42377] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42355] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42355] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42355] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42355] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42356] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42356] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42356] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42356] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42358] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42358] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42358] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42358] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42362] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42362] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42362] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42362] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42365] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42365] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42365] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42365] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42367] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42367] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42367] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42367] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42369] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42369] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42369] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42369] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42370] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42370] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42370] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42370] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42372] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42372] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42372] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42372] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42373] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42373] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42373] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42373] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42363] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42363] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42363] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42363] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42361] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42361] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42361] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42361] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42368] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42368] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42368] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42368] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42374] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42374] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42374] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42374] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42375] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42375] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42375] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42375] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42354] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42360] *** Process received signal ***</div><div>[proton17:42360] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42360] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42360] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42354] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[proton17:42354] Signal code:  (128)</div><div>[proton17:42354] Failing at address: (nil)</div><div>[proton17:42377] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2b46ae872d00]</div><div>[proton17:42377] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42377] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42357] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2b4fb84c9d00]</div><div>[proton17:42357] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42357] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42376] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2b35e5f2cd00]</div><div>[proton17:42376] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42376] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42359] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2b1c774d5d00]</div><div>[proton17:42359] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42359] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42356] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2add3a4fed00]</div><div>[proton17:42356] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42356] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42364] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2b51161f1d00]</div><div>[proton17:42364] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42364] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42367] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2b1aef997d00]</div><div>[proton17:42367] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42367] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42366] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2b1724dffd00]</div><div>[proton17:42366] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42366] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42371] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2b4b366efd00]</div><div>[proton17:42371] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42371] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42358] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2acbc8278d00]</div><div>[proton17:42358] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42358] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42365] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2ba8a6352d00]</div><div>[proton17:42365] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42365] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42373] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2b7c8c157d00]</div><div>[proton17:42373] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42373] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42369] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2b951c33ed00]</div><div>[proton17:42369] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42369] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42355] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2b84d27d1d00]</div><div>[proton17:42355] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42355] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42370] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2b7e4a2fad00]</div><div>[proton17:42370] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42370] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42363] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2b1e83351d00]</div><div>[proton17:42363] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42363] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42362] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2b75186a5d00]</div><div>[proton17:42362] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42362] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42372] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2b162a405d00]</div><div>[proton17:42372] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42372] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42374] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2abdbacb1d00]</div><div>[proton17:42374] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42374] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42375] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2b2c29737d00]</div><div>[proton17:42375] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42375] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42361] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2b50610a8d00]</div><div>[proton17:42361] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42361] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42368] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2b392e382d00]</div><div>[proton17:42368] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42368] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42360] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2ba37b3d0d00]</div><div>[proton17:42360] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42360] *** End of error message ***</div><div>[proton17:42354] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xfd00) [0x2b86855ebd00]</div><div>[proton17:42354] [ 1] /opt/cp2k_new_libint/cp2k/trunk/cp2k/exe/Linux-x86-64-gfortran/cp2k.popt() [0x20ec04d]</div><div>[proton17:42354] *** End of error message ***</div><div>--------------------------------------------------------------------------</div><div>mpirun noticed that process rank 3 with PID 42357 on node proton17 exited on signal 11 (Segmentation fault).</div><div>--------------------------------------------------------------------------</div><div><br></div><div>[1]    Exit 139                      /usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/bin/mpirun -np 24  ...</div></div><div><br></div><div>The error seems related to the mpi. I am not sure is there any other mistake about my inputs. </div><div>Any suggestion would be greatly appreciated. Thanks a lot.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Huan </div><div><br></div><div><br></div><div><br></div>