<div dir="ltr">Dear all researchers using cp2k,<div><br></div><div>    I'm a pretty new user of cp2k, and still learning functions of this program. I got some questions right now and really need help.</div><div>    The purpose of my research is to find all the possible products of asphalt oxidation. To begin with, I tried to learn if MD function in cp2k can do simulation of some reactions, and built a simple system containing 2 methanol and 3 oxygen molecules in a 10X10X10 cell. Here's my input file:</div><div><br></div><div>Reactions are not observed in 1000 steps. Can someone help me figure out where the problem is?</div><div><br></div><div><div>&FORCE_EVAL</div><div>  METHOD QS</div><div>  &DFT</div><div>    BASIS_SET_FILE_NAME /usr/share/cp2k/BASIS_MOLOPT</div><div>    POTENTIAL_FILE_NAME /usr/share/cp2k/GTH_POTENTIALS</div><div>    &MGRID</div><div>      CUTOFF 200</div><div>      NGRIDS 4</div><div>    &END MGRID</div><div>    &QS</div><div>      METHOD GAPW</div><div>    &END QS</div><div>    &SCF</div><div>      SCF_GUESS RESTART</div><div>      MAX_SCF 100</div><div>      EPS_SCF 1.0e-6</div><div>        &OUTER_SCF</div><div>        MAX_SCF 5</div><div>        EPS_SCF 1.0E-6</div><div>        &END</div><div>       &OT TRUE</div><div>         PRECONDITIONER FULL_ALL</div><div>         MINIMIZER CG</div><div>         ENERGY_GAP 0.001</div><div>       &END OT</div><div>    &END SCF</div><div>    &XC</div><div>      &XC_FUNCTIONAL PBE</div><div>      &END XC_FUNCTIONAL</div><div>    &END XC</div><div>  &END DFT</div><div>  &SUBSYS</div><div>    &CELL</div><div>      ABC 10.0 10.0 10.0</div><div>    &END CELL</div><div>&COORD</div><div>O       5.83970000       2.50019000       2.50074000</div><div>O       4.73464200       2.52884200       2.59250500</div><div>O       5.55838800       3.09963100       7.32479800</div><div>O       4.53647400       3.49381100       7.50004500</div><div>O       6.39174700       7.49938300       4.80196400</div><div>O       7.49930100       7.46722100       4.85377500</div><div>C       6.90902000       4.30670800       4.62181700</div><div>O       5.64215600       4.88509800       4.49462900</div><div>H       5.20622900       4.78592700       5.38062100</div><div>H       6.81478300       3.23143200       4.88781800</div><div>H       7.49613100       4.83704900       5.40277500</div><div>H       7.44563600       4.38928400       3.65434100</div><div>C       3.27312300       5.91737700       3.17814600</div><div>O       4.20868900       6.89713900       3.52519000</div><div>H       4.62313400       7.19318900       2.67346300</div><div>H       3.77955300       5.06361100       2.67767800</div><div>H       2.50196900       6.34589000       2.50171900</div><div>H       2.77520500       5.54750300       4.09795900</div><div>&END COORD</div><div>  &KIND H</div><div>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q1</div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q1</div><div>    &END KIND</div><div>  &KIND O</div><div>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q6</div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q6</div><div>    &END KIND</div><div>  &KIND C</div><div>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q4</div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q4</div><div>    &END KIND</div><div>&END SUBSYS</div><div>&END FORCE_EVAL</div><div>&GLOBAL</div><div>PROJECT methanol_try2</div><div>  RUN_TYPE MD</div><div>&END GLOBAL</div><div>&MOTION</div><div>  &MD</div><div>    ENSEMBLE NVT</div><div>    STEPS 1000</div><div>    TIMESTEP 1.0</div><div>    TEMPERATURE 800</div><div>    TEMP_TOL 100</div><div>    &BAROSTAT</div><div>      PRESSURE 1000</div><div>    &END BAROSTAT</div><div>    &THERMOSTAT</div><div>      TYPE CSVR</div><div>      &CSVR</div><div>        TIMECON 200</div><div>      &END CSVR</div><div>    &END THERMOSTAT</div><div>  &END MD</div><div>&PRINT</div><div>  &TRAJECTORY</div><div>      LOG_PRINT_KEY T</div><div>      FORMAT XYZ</div><div>      &EACH</div><div>        MD 5</div><div>      &END EACH</div><div>      ADD_LAST NUMERIC</div><div>    &END TRAJECTORY</div><div>&END PRINT</div><div>&END MOTION</div><div>&END</div></div><div><br></div><div>Many thanks!</div><div>Mason</div></div>