<div dir="ltr">Hi Matt,<div> <div>Thank you for response. I spend whole month to figure out the error and i cant. I can work with all protein structures without any problem but when i try to use coordinates input file for RNA/DNA using nucleic acid builder it did not work and gives me error in coordinate file. If you have towhee experience then I can forward you my files if you can help me. I wrote to towhee users and developer team as well but did not hear any thing. <div>
<br></div><div>thank you again!</div></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 12, 2014 at 10:22 PM, Matt McGrath <span dir="ltr"><<a href="mailto:obfis...@gmail.com" target="_blank">obfis...@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,<br><br>In theory, you can run this simulation with CP2K.  In practice, though, you will never get a molecule as big as RNA to swap between the boxes, so it would not be helpful at all.  MCCCS Towhee is a much better choice for several reasons in this case, in part because it has significantly better conformational sampling (both in a box and between boxes), and two because it will be much faster with a classical forcefield (after a move it only recalculates the interactions which have changed when using a pairwise potential, as opposed to recalculating everything).  So I would try to fix the problem with MCCCS instead of trying to use CP2K in this case.<br>
<br>                                   Cheers, Matt <br><div><div class="h5"><br>On Thursday, June 12, 2014 6:20:23 AM UTC+2, sajid iqbal wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Dear Users, <div><br></div><div>I want to run MC simulations to calculate the single step energies. I want to set up two boxes and put one RNA molecule in box1 using pdb file and put fixed number of polyethylene molecules in box2. I want to move RNA molecule from box1 to box2 and calculate the energy of box2 or just RNA in box2 at fix temp and pressure. Can I run this kind of calculations and how ? Any idea would be great help.</div>
<div><br></div><div>I tried MCCCS towhee but there is always error with coords file. if someone needs more details i can provide. </div><div><br></div><div>Thank you very much</div><div><br></div></div></blockquote></div>
</div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5">

<p></p>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this topic, visit <a href="https://groups.google.com/d/topic/cp2k/dqEqydw5aJc/unsubscribe" target="_blank">https://groups.google.com/d/topic/cp2k/dqEqydw5aJc/unsubscribe</a>.<br>
To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to <a href="mailto:cp2k+uns...@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
Visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k</a>.<br>
For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" target="_blank">https://groups.google.com/d/optout</a>.<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>