<div dir="ltr">Hi,<br><br>In theory, you can run this simulation with CP2K.  In practice, though, you will never get a molecule as big as RNA to swap between the boxes, so it would not be helpful at all.  MCCCS Towhee is a much better choice for several reasons in this case, in part because it has significantly better conformational sampling (both in a box and between boxes), and two because it will be much faster with a classical forcefield (after a move it only recalculates the interactions which have changed when using a pairwise potential, as opposed to recalculating everything).  So I would try to fix the problem with MCCCS instead of trying to use CP2K in this case.<br><br>                                   Cheers, Matt <br><br>On Thursday, June 12, 2014 6:20:23 AM UTC+2, sajid iqbal wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Dear Users, <div><br></div><div>I want to run MC simulations to calculate the single step energies. I want to set up two boxes and put one RNA molecule in box1 using pdb file and put fixed number of polyethylene molecules in box2. I want to move RNA molecule from box1 to box2 and calculate the energy of box2 or just RNA in box2 at fix temp and pressure. Can I run this kind of calculations and how ? Any idea would be great help.</div><div><br></div><div>I tried MCCCS towhee but there is always error with coords file. if someone needs more details i can provide. </div><div><br></div><div>Thank you very much</div><div><br></div></div></blockquote></div>