<div dir="ltr">Dear Users, <div><br></div><div>I want to run MC simulations to calculate the single step energies. I want to set up two boxes and put one RNA molecule in box1 using pdb file and put fixed number of polyethylene molecules in box2. I want to move RNA molecule from box1 to box2 and calculate the energy of box2 or just RNA in box2 at fix temp and pressure. Can I run this kind of calculations and how ? Any idea would be great help.</div><div><br></div><div>I tried MCCCS towhee but there is always error with coords file. if someone needs more details i can provide. </div><div><br></div><div>Thank you very much</div><div><br></div></div>