<div dir="ltr">Hi CP2Kers.<div>I'm so sorry I post this topic ones more, but I had no reply and I still cannot prepare my input properly. So:</div><div><br></div><div><div style="border-style: initial; border-color: initial; ">I'm doing simulations of cisplatin in water. System was equilibrated by classical MD, then I switched to the BOMD.</div><div style="border-style: initial; border-color: initial; ">It's NVT simulation with PBE functional, deuterated hydrogens, time step 1 fs (and more in the input file). I use CP2K version 2.4 (Development Version), SVN source code revision 12755.</div><div style="border-style: initial; border-color: initial; ">After i did first simulation (100 ps) I realized that I observed something like "ice-cube flying" when whole system looks like frozen and all atoms moves one direction. So I used COMVEL_TOL 1e-8 to remove COM movement and started simulation again.</div><div style="border-style: initial; border-color: initial; ">Now (after 10 ps) trajectory looks fine, but if I plot time evolution of conserved quantity I can see strange jumps there (see picture "cisplatin-problem.jpg", big graph - whole trajectory, inset - first 2000 steps).</div><div style="border-style: initial; border-color: initial; ">Do you think this can be connected to (maybe tight) COM remove?</div><div style="border-style: initial; border-color: initial; "><br></div><div style="border-style: initial; border-color: initial; ">Thank you all for suggestion and keep on rockin'</div><div style="border-style: initial; border-color: initial; "><br></div><div style="border-style: initial; border-color: initial; ">Ondrej Kroutil</div><div style="border-style: initial; border-color: initial; "><br></div><div style="border-style: initial; border-color: initial; ">Btw. Do you plan for this year similar workshop you held last year in CECAM? I'd like to join it, because i don't want to give you (maybe) stupid question I posted now...</div></div></div>