<div dir="ltr">Dear Axel, <div><br></div><div>I am doing Fist simulation with cp2k but I want to use the Gromos and OPLS/AA force filed parameters. Can I use your program gmx2gromos to convert gromacs files to the files that is readable for cp2k like in regtest-8 ?</div><div>One of my problem is that I have CH3 in my molecule and in gromos force filed partial charges for CH3 is 0 (as the united atom of the GROMOS forcefield) and It doesn't consider single H atoms,  but "includes" these H atoms</div><div>into the C atoms. That means that the CH3 group is just one LJ-bead in the GROMOS forcefield.</div><div><div>How I can implement this type of parameters in CP2K format?</div><div><br></div><div>Thanks very much and Kind Regards, </div><div>Leila</div><div><br></div>On Wednesday, August 27, 2008 9:03:02 PM UTC+2, Axel wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;">
<br>On Aug 27, 11:47 am, Laino Teodoro <<a>teodor...@gmail.com</a>> wrote:
<br>> Ciao Ewald,
<br>>
<br>> gmx2gromos is not part of the cp2k distribution. Have no idea how those
<br>> files where created (maybe one of the guy that did it will reply here
<br>> with more informations). Anyway since you want to use GROMOS FF calculations
<br>
<br>gmx2gromos was started by me when i was still in bochum
<br>with the intent to use gromacs tools to build OPLS/AA
<br>topologies for qm/mm and then run them with CPMD, which
<br>requires gromos format topology files.
<br>
<br>> if you already have them you should not need any additional file or
<br>> conversion.
<br>> If you don't have them please refer to the GROMOS website..
<br>
<br>please note that the format in cp2k (and cpmd) corresponds to
<br>the gromos 96 file format. a minimal and reverse engineered
<br>description is also in the qm/mm section of the cpmd manual.
<br>perhaps somebody near you has an old gromos documentation
<br>collecting dust on a shelf.
<br>
<br>> or to the GROMACS website (maybe there you will find also information
<br>> how to convert the two formats one in the other).
<br>
<br>nope. since the gromacs tpr file is binary, you need to use
<br>gromacs library functions to access to contents and convert them
<br>to gromos. reading the gromos documentation is the better way.
<br>that being said, you don't need to write gromos format topologies
<br>to use the gromos force field. you just need the parameters and a
<br>topology file in a format that is readable by cp2k.
<br>
<br>cheers,
<br>   axel.
<br>>
<br>> Teo
<br>>
<br>> On 27 Aug 2008, at 17:36, Ewald Pauwels wrote:
<br>>
<br>> > I get the feeling that these files were somehow converted from gromacs
<br>> > format. Is this program (or another conversion utility) available
<br>> > somewhere? Or, alternatively, is it described how the G96 topology and
<br>> > connectivity should be structured?</blockquote></div></div>