<div dir="ltr"><div dir="ltr">You can constrain your system using parameters found in the section <a href="http://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/MOTION/CONSTRAINT.html" target="_blank">http://manual.cp2k.org/trunk/<wbr>CP2K_INPUT/MOTION/CONSTRAINT.<wbr>html</a> .<br><br>For your case you could do an MD simulation with the positions of the atoms of your substance fixed (<a href="http://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/MOTION/CONSTRAINT/FIXED_ATOMS.html" target="_blank">http://manual.cp2k.org/trunk/<wbr>CP2K_INPUT/MOTION/CONSTRAINT/<wbr>FIXED_ATOMS.html</a>) . I assume your substance is in a solvent.<br>After your system equilibrated (temperatures no longer fluctuate) you could use the coordinates as input for a second simulation, where you remove the constraint of your atom positions.<br><br></div></div>