<div dir="ltr"><div><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman">

</font><p style="margin: 0cm 0cm 0pt; text-align: left; line-height: normal; unicode-bidi: embed; direction: ltr;" dir="LTR" class="MsoNormal"><span style='font-size: 12pt; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";'><font color="#000000"><font face="Times New Roman">Hello all,<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></font></font></span></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman">

</font><p style="margin: 0cm 0cm 0pt; text-align: left; line-height: normal; unicode-bidi: embed; direction: ltr;" dir="LTR" class="MsoNormal"><span style='font-size: 12pt; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";'><o:p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"> </font></o:p></span></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman">

</font><p style="margin: 0cm 0cm 0pt; text-align: left; line-height: normal; unicode-bidi: embed; direction: ltr;" dir="LTR" class="MsoNormal"><span style='font-size: 12pt; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";'><font color="#000000"><font face="Times New Roman">I do not understand
how the distance function is calculates: the number which are produced by the
metadynamics simulation are very different from what I expected.<o:p></o:p></font></font></span></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman">

</font><p style="margin: 0cm 0cm 0pt; text-align: left; line-height: normal; unicode-bidi: embed; direction: ltr;" dir="LTR" class="MsoNormal"><span style='font-size: 12pt; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";'><o:p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"> </font></o:p></span></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman">

</font><p style="margin: 0cm 0cm 0pt; text-align: left; line-height: normal; unicode-bidi: embed; direction: ltr;" dir="LTR" class="MsoNormal"><span style='font-size: 12pt; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";'><font color="#000000"><font face="Times New Roman">Attached are my input
file and the output COLVAR file.<o:p></o:p></font></font></span></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman">

</font><p style="margin: 0cm 0cm 0pt; text-align: left; line-height: normal; unicode-bidi: embed; direction: ltr;" dir="LTR" class="MsoNormal"><span style='font-size: 12pt; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";'><o:p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"> </font></o:p></span></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman">

</font><p style="margin: 0cm 0cm 0pt; text-align: left; line-height: normal; unicode-bidi: embed; direction: ltr;" dir="LTR" class="MsoNormal"><span style='font-size: 12pt; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";'><font color="#000000"><font face="Times New Roman">The relevant section
is:<o:p></o:p></font></font></span></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman">

</font><p style="margin: 0cm 0cm 0pt; text-align: left; line-height: normal; unicode-bidi: embed; direction: ltr;" dir="LTR" class="MsoNormal"><span style='font-size: 12pt; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";'><o:p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"> </font></o:p></span></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman">

</font><p style="margin: 0cm 0cm 0pt; text-align: left; line-height: normal; unicode-bidi: embed; direction: ltr;" dir="LTR" class="MsoNormal"><span style='font-size: 12pt; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";'><font color="#000000"><font face="Times New Roman">&COLVAR<o:p></o:p></font></font></span></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman">

</font><p style="margin: 0cm 0cm 0pt; text-align: left; line-height: normal; unicode-bidi: embed; direction: ltr;" dir="LTR" class="MsoNormal"><span style='font-size: 12pt; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";'><font color="#000000"><font face="Times New Roman"><span style="mso-spacerun: yes;">  </span>&DISTANCE_FUNCTION<br>
<span style="mso-spacerun: yes;">    </span>ATOMS 1 7 2 7<br>
<span style="mso-spacerun: yes;">    </span>COEFFICIENT -1.0<br>
<span style="mso-spacerun: yes;">    </span>PBC FALSE<br>
<span style="mso-spacerun: yes;">  </span>&END DISTANCE_FUNCTION<br>
&END COLVAR<o:p></o:p></font></font></span></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman">

</font><p style="margin: 0cm 0cm 0pt; text-align: left; line-height: normal; unicode-bidi: embed; direction: ltr;" dir="LTR" class="MsoNormal"><span style='font-size: 12pt; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";'><o:p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"> </font></o:p></span></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman">

</font><p style="margin: 0cm 0cm 0pt; text-align: left; line-height: normal; unicode-bidi: embed; direction: ltr;" dir="LTR" class="MsoNormal"><span style='font-size: 12pt; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";'><font color="#000000"><font face="Times New Roman">At the beginning of
the simulation (the reactant state) d(1-7) is 1.513242 Angstrom and d(2-7) is
2.171484 Angstrom so i expected the distance function to be 1.513242 - 2.171484
= -1.132264, but the program returns -2.03441.</font></font></span></p><p style="margin: 0cm 0cm 0pt; text-align: left; line-height: normal; unicode-bidi: embed; direction: ltr;" dir="LTR" class="MsoNormal"><span style='font-size: 12pt; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";'><font color="#000000" face="Times New Roman"></font></span> </p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman">

</font><p style="margin: 0cm 0cm 0pt; text-align: left; line-height: normal; unicode-bidi: embed; direction: ltr;" dir="LTR" class="MsoNormal"><span style='font-size: 12pt; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";'><font color="#000000"><font face="Times New Roman">Generally speaking, I
expected the range of this colvar to be from -1.3 up to 1.3, but I get numbers
between -3.0 up to 3.0.</font></font></span></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman">

</font><p style="margin: 0cm 0cm 0pt; text-align: left; line-height: normal; unicode-bidi: embed; direction: ltr;" dir="LTR" class="MsoNormal"><span style='font-size: 12pt; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";'><font color="#000000"><font face="Times New Roman"></font></font></span> </p><p style="margin: 0cm 0cm 0pt; text-align: left; line-height: normal; unicode-bidi: embed; direction: ltr;" dir="LTR" class="MsoNormal"><span style='font-size: 12pt; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";'><font color="#000000"><font face="Times New Roman">This prevents me from
comparing my results from this simulation with results obtained from other
sources.<o:p></o:p></font></font></span></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman">

</font><p style="margin: 0cm 0cm 0pt; text-align: left; line-height: normal; unicode-bidi: embed; direction: ltr;" dir="LTR" class="MsoNormal"><span style='font-size: 12pt; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";'><font color="#000000"><font face="Times New Roman"></font></font></span> </p><p style="margin: 0cm 0cm 0pt; text-align: left; line-height: normal; unicode-bidi: embed; direction: ltr;" dir="LTR" class="MsoNormal"><span style='font-size: 12pt; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";'><font color="#000000"><font face="Times New Roman">Thanks in advance,<o:p></o:p></font></font></span></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman">

</font><p style="margin: 0cm 0cm 0pt; text-align: left; line-height: normal; unicode-bidi: embed; direction: ltr;" dir="LTR" class="MsoNormal"><span style='font-size: 12pt; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"; mso-bidi-font-family: "Times New Roman";'><font color="#000000"><font face="Times New Roman">Chaim Dryzun<o:p></o:p></font></font></span></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman">

</font><p style="margin: 0cm 0cm 0pt; text-align: left; unicode-bidi: embed; direction: ltr;" dir="LTR" class="MsoNormal"><o:p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman"> </font></o:p></p><font color="#000000" size="3" face="Times New Roman">

</font></div></div>