<div dir="ltr"><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Dear all,<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I would
like to determine the binding energy of a dimer in solution. <o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I simulated
the bound dimer and the unbound dimer surrounded by methanol with classical MD
in GROMACS. The system consists of 800 Atoms (C, N, O and H-Atoms).<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Now would
like to calculated the bound state and the unbound state with cp2k ( with
BLYP-D3) and compare the energy.<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">But I don't
know how to get comparable energies.<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I would now
start to optimize cells with CELL_OPT (with DIRECT_CELL_OPT). Than optimize the
structure with GEO_OPT. <o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">So my
questions are:<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Is this the
best way or is there a other way to get the binding energy? <o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Is it
possible to calculated the binding energies in this way? <o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I fear that
the cells of bound and unbound state after the optimizations have not exactly
the identical dimensions. In addition, the starting structure (that I received
with GROMACS) leads possibly not to the global minimum.<o:p></o:p></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><br></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">greetings </span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Andreas</span></p></div>