<div dir="ltr"><br>Dear YE-FEI LI<div>      I'm a rookie of cp2k, i run a cp2k constraint dynamics download from this forum, but i don't understand the output. Have you ever done some works about free energy calculation before? My question is that:(1)output about colvar in "MD-COLVAR.metadynLog" is from5to6,but we set the value is from3to4 in input file,they are different.(2) the output"MD-1.ener" is the potential energy,right? and how can i get the free energy, i don't see the option in free _energy print.</div><div><br></div><div>thanks a lot</div><div><br></div><div>zhe</div><br>在 2013年10月1日星期二UTC+8上午6时20分22秒，YE-FEI LI写道：<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Dear CP2K users and developers:<div>    I am interested into calculation of free energy under a designed reaction pathway, and I have some puzzle about the basic idea for calculating the free energy by utilizing thermodynamic integration and Lagrangian multiplier. The mean force can be obtained from <span style="font-size:13px">Lagrangian multiplier plus some specific correction according to different constrain. For one bond length constrain, t</span><span style="font-size:13px">he mean force is the average of </span><span style="font-size:13px">Lagrangian multiplier. However, for other </span><span style="font-size:13px">constrain, </span><span style="font-size:13px">t</span><span style="font-size:13px">he mean force might not be the average of </span><span style="font-size:13px">Lagrangian multiplier, and the correction is needed.</span></div><div>    For instance, if I use the distance difference of r12-r34 as constrain, it seems<span style="font-size:13px"> t</span><span style="font-size:13px">he mean force is still the average of </span><span style="font-size:13px">Lagrangian multiplier. (Am I correct?) However, if I use </span><span style="font-size:13px">distance difference of r12-r31 as constrain, it seems the correction is needed, because </span><span style="font-size:13px">r12 and r31 is coupled</span><span style="font-size:13px">. </span><span style="font-size:13px">(Am I correct?) In this case, if I want to calculate the free energy along</span><span style="font-size:13px"> r12-r31, CP2K will not do the correction automatically, since </span><span style="font-size:13px">CP2K only output the </span><span style="font-size:13px">Lagrangian multiplier.</span><span style="font-size:13px"> Thus I must do the correction by myself by using the </span><span style="font-size:13px">trajectory of MD</span><span style="font-size:13px">? </span></div><div><span style="font-size:13px">Best,</span></div><div><span style="font-size:13px">Yefei</span></div></div></blockquote></div>