<div dir="ltr">Yes, you can treat solute and solvent molecules using the ALMO methods. However, in the current implementation of the ALMO methods, every molecule (+its nearest neighbors) are treated by one core. Therefore, if your solute is too large to fit into the memory available to a core, the calculation will fail.<div><br></div><div>To get rid of the almo_max_av_neighbors increase the value of this variable in almo_scf_types.F and recompile the code. Alternatively, you can wait for a couple of days - we will provide a fix for this problem.</div><div><br><br>On Wednesday, October 23, 2013 7:27:12 PM UTC-7, Joe Greenstone wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><div><br><br>> It will not work if boundaries between fragments cross covalent bonds.</div><div><br></div><div>Can one leave the protein as a single fragment so that the scaling benefit of ALMO is had for the solvent? When I do this, I get error messages advising increase of almo_max_av_neighbors but I don't see a parameter with this name in the current manual.</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div> -----------------------------<wbr>--- ALMO SETTINGS ------------------------------<wbr>--<br> eps_filter:                  <wbr>                              <wbr>           0.100E-08<br> blocked_eps_iter:            <wbr>                              <wbr>           0.500E-03<br> blocked_max_iter:            <wbr>                              <wbr>                 100<br> blocked_n_diis:              <wbr>                              <wbr>                   7<br> delocalization:              <wbr>                              <wbr>                 X_R<br> algorithm:                   <wbr>                           Blocked diagonalization<br> delocalize_r_cutoff_factor:  <wbr>                              <wbr>             1.60000<br> -----------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------------</div><div><br>     Lanczos converged:  F threshold:   0.100E-03<br>     Est. extremal eigenvalues:    0.908E+01   0.491E-02<br>     Est. condition number :    0.185E+04<br>     NS sqrt iter    1 0.04928491   0.246E+01       2.725     8956.637<br>     NS sqrt iter    2 0.04928491   0.117E+01       2.755     8862.305<br>     NS sqrt iter    3 0.04928491   0.621E+00       3.223     7574.836<br>     NS sqrt iter    4 0.04928491   0.360E+00       2.702     9034.791<br>     NS sqrt iter    5 0.04928491   0.178E+00       3.004     8124.991<br>     NS sqrt iter    6 0.04928491   0.935E-01       2.710     9008.010<br>     NS sqrt iter    7 0.04928491   0.561E-01       2.722     8968.812<br>     NS sqrt iter    8 0.04928491   0.234E-01       3.010     8109.299<br>     NS sqrt iter    9 0.04928491   0.313E-02       2.694     9058.231<br>     NS sqrt iter   10 0.04928491   0.100E-04       2.681     9102.792<br>     Final NS sqrt iter   10 0.04928491   0.516E-12</div><div><br> *****************************<wbr>******************************<wbr>*****************<br> *** 12:29:46 ERRORL2 in almo_scf_special:almo_level2_<wbr>spec1_0 :: increase ***<br> *** almo_max_av_neighbors         <wbr>                              <wbr>         ***<br> *****************************<wbr>******************************<wbr>*****************</div><div><br> *****************************<wbr>******************************<wbr>******************<br> *** 12:29:46 ERRORL2 in almo_scf_special:almo_level2_<wbr>spec1_0 processor 0  ***<br> *** :: err=-300 condition FAILED at line 814                           <wbr>   ***<br> *****************************<wbr>******************************<wbr>******************</div><div><br> ===== Routine Calling Stack ===== </div><div>            5 almo_level2_spec1_0<br>            4 almo_level1_exp1_0<br>            3 almo_entry_scf<br>            2 qs_energies_scf<br>            1 CP2K<br> CP2K| condition FAILED at line 814<br> CP2K| Abnormal program termination, stopped by process number 0</div><div><br></div><div>  </div></div></blockquote></div></div>