<div dir="ltr">The ALMO methods need to know how your system is partitioned into molecules. The last column in the coordinate file tells CP2K to call the partitioning routine. Therefore, the last column is required for all ALMO methods.<div><br></div><div>CP2K works with arbitrary molecule names (i.e. you can replace H2O with SECRET_MOLECULAR_INGREDIENT_OF_COCA_COLA without any change in the results). The actual partitioning is done automatically based on distances thresholds, controlled by keywords in the following section:</div><div><br></div><div><a href="http://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT.html" style="font-family: monospace; text-transform: uppercase;">CP2K_INPUT</a><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: monospace; text-transform: uppercase;"> / </span><a href="http://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL.html" style="font-family: monospace; text-transform: uppercase;">FORCE_EVAL</a><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: monospace; text-transform: uppercase;"> / </span><a href="http://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/SUBSYS.html" style="font-family: monospace; text-transform: uppercase;">SUBSYS</a><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: monospace; text-transform: uppercase;"> / </span><a href="http://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/SUBSYS/TOPOLOGY.html" style="font-family: monospace; text-transform: uppercase;">TOPOLOGY</a><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: monospace; text-transform: uppercase;"> / </span><a href="http://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/SUBSYS/TOPOLOGY/GENERATE.html" style="font-family: monospace; text-transform: uppercase;">GENERATE</a></div><div><br></div><div>As far as I understand the partitioning code collects all atoms with a unique molecule name (e.g. all atoms with H2O) and tries to partition this set into individual molecules based on distance thresholds. It does this for all unique molecule names.</div><div><br></div><div>Therefore, if you are not satisfied with automatic partitioning:</div><div><br></div><div>1. assign unique molecule names (MOL1, MOL2, MOL3) to split large molecules into smaller ones,</div><div>2. set <span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: monospace; text-transform: uppercase;">BONDLENGTH_MAX </span>to very large value to combine smaller molecules within a named set to the larger molecule.</div><div><br></div><div>Done )</div><div><br></div><div><br>On Monday, October 21, 2013 8:45:52 PM UTC-7, Joe Greenstone wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>Modifying regtest-almo/almo-d.inp by removing H2O from the end of included coordinate lines but no other changes causes the test to fail saying 'odd number of electrons'. Is there functional significance to this molecule name/description? If so, what molecule names are supported? </div></div></blockquote></div></div>