<html><head><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body dir="auto"><div>Hi Samuel. We have also just upgraded to the intel 14.0 compiler in compeer ex 2013 sp 1 and saw the same problem for various test cases. I've reported a bug to Intel and am currently waiting for them to investigate.  For now it's better to use the 13.1 compiler!</div><div><br></div><div>- Iain <br><br>Sent from my iPad</div><div><br>On 27 Sep 2013, at 19:52, Samuel Lamphier <<a href="mailto:samuell...@gmail.com">samuell...@gmail.com</a>> wrote:<br><br></div><blockquote type="cite"><div><div dir="ltr">Hello,<div>I have compiled cp2k-2.4 on Centos OS 6, this is a custom built system. We installed <a href="http://software.intel.com/en-us/intel-cluster-studio-xe" target="_blank" style="color: rgb(17, 85, 204); font-family: arial, sans-serif;">http://software.<span class="il" style="background-color: rgb(255, 255, 204); color: rgb(34, 34, 34); background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;">intel</span>.com/en-<wbr>us/<span class="il" style="background-color: rgb(255, 255, 204); color: rgb(34, 34, 34); background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;">intel</span>-cluster-studio-xe</a>. Our ARCH file is below, no errors compiling. When running the test files in the QS folder, we received the error segmentation fault. We used gdb to help find the error (below). Could someone please help us fix this?</div><div><br></div><div><div>INTEL_MKL = ~/Shared/intel/mkl</div><div>INTEL_INC = /home/cormackgroup/Shared/intel/composer_xe_2013_sp1.0.080/mkl/interfaces/fftw3xf</div><div>INTEL_LIB = $(INTEL_MKL)/lib/intel64/</div><div><br></div><div>CC       = mpicc </div><div>CPP      = cpp </div><div>FC       = mpiifort -FR  </div><div>LD       = mpiifort -mkl </div><div>AR       = ar -r</div><div>DFLAGS   = -D__INTEL -D__FFTMKL -D__FFTW3 -D__parallel -D__BLACS -D__SCALAPACK</div><div>CPPFLAGS = -C -traditional $(DFLAGS) -I$(INTEL_INC)</div><div>FCFLAGS  = $(DFLAGS) -I$(INTEL_INC) -FR -O2 -xhost -heap-arrays -fpp -free -g #-check bounds -fp-stack-check -check arg_temp_created</div><div>FCFLAGS2 = $(DFLAGS) -I$(INTEL_INC) -FR -O1 -xhost -heap-arrays -fpp -free -g #-check bounds -fp-stack-check -check arg_temp_created</div><div>LDFLAGS  = $(FCFLAGS) -I$(INTEL_INC)</div><div>LIBS     =-L/home/cormackgroup/Shared/intel/composer_xe_2013_sp1.0.080/mkl/interfaces/fftw3xf -lfftw3 #/home/cormackgroup/Archive/scalapack-2.0.2/libscalapack.a \</div><div>          </div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>  </div><div><br></div><div>#/home/cormackgroup/Archive/scalapack-2.0.2/libscalapack.a</div><div># home/cormackgroup/Shared/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_scalapack_lp64.a          -mkl</div><div>#/home/cormackgroup/Shared/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_blacs_lp64.a </div><div><br></div><div>OBJECTS_ARCHITECTURE = machine_intel.o</div><div><br></div><div><br></div><div>graphcon.o: graphcon.F</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>$(FC) -c $(FCFLAGS2) $<</div></div><div> </div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Reported Error: The matrix is empty?</div><div><br></div><div><br></div><div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">0x000000000240bc2f in DBCSR_INDEX_OPERATIONS::transpose_index_local (new_col_p=..., new_row_i=..., old_row_p=Cannot access memory at address 0x1</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">) at /home/cormackgroup/Simulation.01/cp2k-2.4.0/makefiles/../src/dbcsr_lib/dbcsr_index_operations.F:904</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">904<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">       </span>    CALL dbcsr_sort_indices (nblks, new_col_i, new_row_i, new_blk_p)</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">Missing separate debuginfos, use: debuginfo-install glibc-2.12-1.107.el6_4.4.x86_64 libgcc-4.4.7-3.el6.x86_64</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">(gdb) quit</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">A debugging session is active.</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>Inferior 1 [process 5513] will be killed.</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">Quit anyway? (y or n) y   </font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">[cormackgroup@n01ib0 QS]$ ./cp2k.popt -i C.inp -o C1.out</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">Image              PC                Routine            Line        Source             </font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          00000000026E5579  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          00000000026E3EF0  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          0000000002674A42  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          0000000002625133  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          000000000262936B  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">libpthread.so.0    0000003B8DA0F500  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          000000000240BC2F  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          00000000024CB483  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          000000000249210B  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          000000000248F240  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          00000000004170A2  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          0000000001369991  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          00000000009EAB09  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          0000000001D2E498  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          0000000000AD25FD  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          0000000000ACED47  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          000000000090545C  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          0000000000922EF0  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          000000000054BDF1  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          000000000040DDFD  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          000000000040B9DD  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          0000000000406FF2  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          00000000004060D6  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">libc.so.6          0000003B8D21ECDD  Unknown               Unknown  Unknown</font></div><div><font color="#1155cc" face="arial, sans-serif">cp2k.popt          0000000000405FC9  Unknown               Unknown  Unknown</font></div></div></div>

<p></p>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+uns...@googlegroups.com">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
Visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k">http://groups.google.com/group/cp2k</a>.<br>
For more options, visit <a href="https://groups.google.com/groups/opt_out">https://groups.google.com/groups/opt_out</a>.<br>
</div></blockquote></body></html>