<div dir="ltr">Dear Jianjun,<div><br></div><div>  Does your molecule rotate? This is usually the reason for peak splitting that I observe. One could prevent both the translation and rotation of the molecule with the option in the section &MOTION ... &MD ... &END MD ... &END MOTION ("ANGVEL_ZERO" and "COMVEL_TOL" I think).</div>
<div><br></div><div>  Please notice that your choice of the cut-off energy, 280 Ry, is most likely insufficient (this was the historical value). I don't have much experience on the MOLOPT basis for oxygen, but you might need some 350-400 Ry (with the TZV*P it is even more). Also if you make "EPS_SCF" tighter you might want to do the same for "EPS_DEFAULT".</div>
<div><br></div><div>    Greetings from Zurich,</div><div><br></div><div>       apsi</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2013/8/27 JianJun Yang <span dir="ltr"><<a href="mailto:jjyan...@gmail.com" target="_blank">jjyan...@gmail.com</a>></span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi All,<div><br></div><div>I am trying to learn how to calculate the IR spectrum with cp2k, and now I am testing on the most simple sample --- a single H2O molecule. The MD run was done within the NVE and the simulation time was over 30ps with a timestep of 0.5fs. The IR is obtained through the calculated wannier centers by applying the TRAVIS program. As we know, a single water molecule only has 3 vibrational modes: 2 stretching modes and 1 bending mode. However, the IR spectrum I obtained  does not agree with that well. See below for details.</div>

<div><br></div><div>(i) The IR shows the bending mode split into two, and the stretching modes split also. I tried to increase the SCF convergency criterion, or tried the NVT ensembles,  but none of them worked. There must be sth wrong, but I cannot figure it out. Could anybody help me out? Thanks a lot!</div>

<div><br></div><div>(ii) At the same time, in my simulation box (length of 10 A), along the MD time, the molecule is always drifting. When I increase the EPS_SCF from the default value to 1E-7, it got better but still drift dramatically. Any comment on this?</div>

<div><br></div><div>For your reference, here attached the input file and the corresponding IR plot. And the cp2k I used is the version 2.4.0.</div><div><br></div><div>Thanks again,</div><div><br></div><div>Jianjun</div></div>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888">

<p></p>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
Visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k</a>.<br>
For more options, visit <a href="https://groups.google.com/groups/opt_out" target="_blank">https://groups.google.com/groups/opt_out</a>.<br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-<br>  Ari P Seitsonen / <a href="mailto:Ari.P.S...@iki.fi">Ari.P.S...@iki.fi</a> / <a href="http://www.iki.fi/~apsi/">http://www.iki.fi/~apsi/</a><br>
  Physikalisch-Chemisches Institut der Universität Zürich<br>  Tel: +41 44 63 55 44 97  /  Mobile: +41 79 71 90 935
</div>