Hello,<div><br></div><div>I have a system which contains only one molecule in gas phase. I wanna compute its energy with cp2k and gromacs (for a test).</div><div>I am reading a pdb file and the force filed is in amber format, this is cp2k input file:</div><div><br></div><div><div>&FORCE_EVAL</div><div>  METHOD FIST</div><div>  &MM</div><div>    &FORCEFIELD</div><div>      &SPLINE</div><div>        EMAX_ACCURACY 500.0</div><div>        EMAX_SPLINE    1000.0</div><div>        EPS_SPLINE [hartree] 1.00000000E-07</div><div>      &END</div><div>      parm_file_name /home/fbafti/work/nucleation/test-ff/single-mol/amber-1res.top</div><div>      parmtype AMBER</div><div>    &END FORCEFIELD</div><div>    &POISSON</div><div>     &EWALD</div><div>       EWALD_TYPE pme</div><div>       RCUT [angstrom] 8.0</div><div>       EPSILON 1E-6</div><div>     &END EWALD</div><div>    &END POISSON</div><div>    &PRINT</div><div>      &FF_INFO</div><div>      &END</div><div>    &END</div><div>  &END MM</div><div>  &SUBSYS</div><div>    &CELL</div><div>      ABC 125.990  122.910  129.640</div><div>    &END</div><div>    &TOPOLOGY</div><div>     COORD_FILE_NAME /home/fbafti/work/nucleation/test-ff/single-mol/non-per.pdb</div><div>     COORDINATE PDB</div><div>     CONN_FILE_NAME  /home/fbafti/work/nucleation/test-ff/single-mol/amber-1res.top</div><div>     CONN_FILE_FORMAT  AMBER</div><div>    &END TOPOLOGY</div><div>  &END SUBSYS</div><div>  STRESS_TENSOR ANALYTICAL</div><div>&END FORCE_EVAL</div><div>&GLOBAL</div><div>  PROJECT paracetamol_single_mol</div><div>  RUN_TYPE ENERGY</div><div>&END GLOBAL</div></div><div><br></div><div><br></div><div>I put a very large box size, just to be sure that there are no periodic images in the energy estimation. The energy output of CP2K has a value which is larger than zero and it is strange.</div><div>I performed a single step steepest decent with gromacs and I got another value which is minus and makes more sense.</div><div>I already checked the electrostatic parameters and vdw ... I think they are all similar while the energy difference coming from gromacs and cp2k differs by almost 500 kj/mol and in gromacs is minus and in cp2k is a plus value.</div><div><br></div><div>This is the gromacs input file: </div><div><div><br></div><div>integrator               = steep</div><div>comm_mode                = Linear</div><div>dt                       = 0.001</div><div>nsteps                   = 1</div><div>; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f) =</div><div>nstxout                  = 1</div><div>nstvout                  = 1</div><div>; Output frequency for energies to log file and energy file =</div><div>nstlog                   = 1</div><div>nstenergy                = 1</div><div>nstxtcout                = 1</div><div>xtc-precision            = 1000000</div><div>xtc_grps                 = System</div><div>energygrps               = System</div><div>pbc                      = xyz</div><div>nstlist                  = 10</div><div>epsilon_r                = 1.</div><div>ns_type                  = grid ; or grid I don't know</div><div>coulombtype              = pme</div><div>vdwtype                  = Cut-off</div><div>fourierspacing           = 0.12</div><div>; EWALD/PME/PPPM parameters</div><div>pme_order                = 4</div><div>ewald_rtol               = 1e-05</div><div>epsilon_surface          = 0</div><div>optimize_fft             = yes</div><div>rlist                    = 0.8</div><div>rcoulomb                 = 0.8</div><div>rvdw                     = 0.8</div><div>emtol                    = 1.0</div></div><div><br></div><div>Can anybody help me with that?</div><div>Thanks</div><div>Fahimeh</div>