Hi all,<div><br></div><div>I am using coordination number as a collective variable in a metadynamics simulation in CP2K.  I have read already that cp2k normalizes the coordination number by the number of atoms thus it should always be between 0 and 1.  I am concerned that there is a bug because I get values slightly higher than 1 (e.g. 1.20021749) in my COLVAR.dat file as well as in my free energy output.  Does anybody know why this might be happening?</div><div><br></div><div>Thanks.</div><div>Martin</div><div><br></div><div>Here are the pertinent parts of my input file:</div><div><br></div><div><div> &GLOBAL</div><div>   PREFERRED_FFT_LIBRARY  FFTSG</div><div>   EXTENDED_FFT_LENGTHS  T</div><div>   PRINT_LEVEL  MEDIUM</div><div>   PROJECT_NAME GACTIN</div><div>   RUN_TYPE  MD</div><div> &END GLOBAL</div><div> &MOTION</div><div>   &MD</div><div>     ENSEMBLE  NVT</div><div>     STEPS  10000</div><div>     TIMESTEP     4.9999999999999989E-01</div><div>     STEP_START_VAL  10531</div><div>     TIME_START_VAL     5.5554999999993852E+03</div><div>     ECONS_START_VAL    -1.3825824210408957E+03</div><div>     TEMPERATURE     3.1000000000000000E+02</div><div>     COMVEL_TOL     1.0000000000000001E-05</div><div>     &THERMOSTAT</div><div>       TYPE  NOSE</div><div>       &NOSE</div><div>         TIMECON     9.9999999999999964E+00</div><div>         &COORD</div><div>              -1.9870307101421267E+00    1.5164403362900575E+02    2.0651877984243871E+04</div><div>         &END COORD</div><div>         &VELOCITY</div><div>              -2.6525573239549802E-06    1.6855266002596401E-03    3.2669753771567196E-03</div><div>         &END VELOCITY</div><div>         &MASS</div><div>               1.9734082808800943E+07    1.6778542540323039E+02    1.6778542540323039E+02</div><div>         &END MASS</div><div>         &FORCE</div><div>              -1.0987144495918850E-08   -5.0234551461375742E-06   -3.0100014648276899E-06</div><div>         &END FORCE</div><div>       &END NOSE</div><div>     &END THERMOSTAT</div></div><div>  &END MD</div><div><div>  &FREE_ENERGY</div><div>     METHOD  METADYN</div><div>     &METADYN</div><div>       TEMPERATURE     3.1000000000000000E+02</div><div>       MIN_DISP     2.9999999999999999E-02</div><div>       OLD_HILL_NUMBER  649</div><div>       OLD_HILL_STEP  6925</div><div>       TEMP_TOL     2.0000000000000003E+02</div><div>       WW     1.9599999999999999E-03</div><div>       DO_HILLS  T</div><div>       DELTA_T     2.4000000000000000E+03</div><div>       LAGRANGE  T</div><div>       STEP_START_VAL  6931</div><div>       NHILLS_START_VAL  649</div><div>       COLVAR_AVG_TEMPERATURE_RESTART     3.4475790517869569E+02</div><div>       &METAVAR</div><div>         LAMBDA     2.0000000000000000E+00</div><div>         MASS     4.9999999999999972E+01</div><div>         SCALE     2.0000000000000000E-02</div><div>         COLVAR  1</div><div>       &END METAVAR</div><div>       &METAVAR</div><div>         LAMBDA     2.0000000000000000E+00</div><div>         MASS     4.9999999999999972E+01</div><div>         SCALE     2.0000000000000000E-02</div><div>         COLVAR  2</div><div>       &END METAVAR</div><div>       &PRINT</div><div>         &COLVAR  SILENT</div><div>           FILENAME =COLVAR.dat</div><div>           &EACH</div><div>             MD  1</div><div>           &END EACH</div><div>         &END COLVAR</div><div>         &HILLS  SILENT</div><div>           FILENAME =HILLS.dat</div><div>           &EACH</div><div>             MD  1</div></div><div><div>           &END EACH</div><div>         &END HILLS</div><div>       &END PRINT</div></div><div><div>     &END METADYN</div><div>   &END FREE_ENERGY</div></div><div> &END MOTION<br></div><div><br></div><div>....</div><div><div> &FORCE_EVAL</div></div><div><div>   &SUBSYS</div></div><div>   ....</div><div><div>     &COLVAR</div><div>       &COORDINATION</div><div>         ATOMS_FROM  5871</div><div>         ATOMS_TO  5870 5868 5869</div><div>         R0     4.5000000000000000E+00</div><div>       &END COORDINATION</div><div>     &END COLVAR</div><div>     &COLVAR</div><div>       &COORDINATION</div><div>         ATOMS_FROM  5871</div><div>         ATOMS_TO  5876 5879 5882 5885 5888 5894 5897 5939 6533 \</div><div>          10418 12167 15677 16733 19781 23543 23597 24299 24314 25400 \</div><div>          29297 34814 39116 39695 44897 50948 53462 55361</div><div>         R0     4.5000000000000000E+00</div><div>       &END COORDINATION</div><div>     &END COLVAR</div></div><div>   ....</div><div><div>   &END SUBSYS</div><div> &END FORCE_EVAL</div></div>