<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">OK - then work with these coordinates using a simplified input, which allows you to understand what's going on.<div>Regards,</div><div><br><div><div>On Nov 7, 2012, at 6:51 AM, Bonakala Satyanarayana wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Dear Teodoro,<div>                   I checked for 456 atoms in fragment one. All 456 atoms are  </div><div>included. In output file also writing 456 atoms and 456_ghost atoms. Can you please check with below out put file. </div>
<div><br><div> 1     1 C    6    0.181672    1.214710    1.715018      4.00      12.0107</div><div>       2     1 C    6    0.674542    2.638359    1.709839      4.00        12.0107</div><div>       3     2 O    8    1.875274    2.910745    1.593433      6.00      15.9994</div>
<div>       4     3 N    7   -0.307736    3.628172    1.801184      5.00      14.0067</div><div>       5     4 H    1   -1.269375    3.395653    2.055450      1.00       1.0079</div><div>       6     3 N    7    0.068343    4.944099    1.696877      5.00      14.0067</div>
<div>       7     1 C    6   -0.856590    5.848868    1.810272      4.00      12.0107</div><div>       8     1 C    6   -0.492926    7.259778    1.700866      4.00      12.0107</div><div>       9     1 C    6    0.851036    7.646519    1.507602      4.00      12.0107</div>
<div>      10     1 C    6   -1.482187    8.277580    1.790714      4.00      12.0107</div><div>      11     4 H    1    1.585561    6.856238    1.436725      1.00       1.0079</div><div>      12     2 O    8   -2.788037    7.856001    1.988255      6.00      15.9994</div>
<div>      13     4 H    1   -1.904734    5.602601    1.989937      1.00       1.0079</div><div>      14     1 C    6  -14.048787   26.537652    1.700870      4.00      12.0107</div><div>      15     1 C    6  -14.420018   25.190200    1.618827      4.00      12.0107</div>
<div>      16     4 H    1  -13.013058   26.850727    1.752766      1.00       1.0079</div><div>      17     1 C    6  -13.454531   24.037863    1.632577      4.00      12.0107</div><div>      18     2 O    8  -13.837391   22.871794    1.805447      6.00      15.9994</div>
<div>      19     3 N    7  -12.111134   24.372457    1.493245      5.00      14.0067</div><div>      20     4 H    1  -11.845693   25.269113    1.074199      1.00       1.0079</div><div>      21     3 N    7  -11.166096   23.392196    1.682951      5.00      14.0067</div>
<div>      22     1 C    6   -9.919335   23.743261    1.586142      4.00      12.0107</div><div>      23     4 H    1   -9.612763   24.771514    1.386001      1.00       1.0079</div><div>      24     1 C    6    0.590546   11.417770    1.521289      4.00      12.0107</div>
<div>      25     4 H    1    1.651808   11.675602    1.487420      1.00       1.0079</div><div>      26     3 N    7   -0.350408   12.311367    1.593363      5.00      14.0067</div><div>      27     3 N    7    0.018671   13.632377    1.679263      5.00      14.0067</div>
<div>      28     4 H    1    1.005287   13.882906    1.760351      1.00       1.0079</div><div>      29     1 C    6   -0.967521   14.621750    1.584530      4.00      12.0107</div><div>      30     2 O    8   -2.157884   14.353236    1.411974      6.00      15.9994</div>
<div>      31     1 C    6   -0.502796   16.053068    1.702767      4.00      12.0107</div><div>      32     1 C    6    0.831607   16.460554    1.790797      4.00      12.0107</div><div>      33     1 C    6   -1.517924   17.030802    1.717367      4.00      12.0107</div>
<div>      34     1 C    6    1.167881   17.824422    1.882470      4.00      12.0107</div><div>      35     4 H    1    1.659934   15.761072    1.787186      1.00       1.0079</div><div>      36     1 C    6   -1.211993   18.390811    1.842117      4.00      12.0107</div>
<div>      37     4 H    1   -2.535280   16.662821    1.647171      1.00       1.0079</div><div>      38     1 C    6    0.142266   18.777325    1.919422      4.00      12.0107</div><div>      39     4 H    1    0.338684   19.836803    2.042069      1.00       1.0079</div>
<div>      40     1 C    6   -2.231943   19.504808    1.941898      4.00      12.0107</div><div>      41     2 O    8   -1.890054   20.666978    2.176822      6.00      15.9994</div><div>      42     3 N    7   -3.570528   19.139216    1.783142      5.00      14.0067</div>
<div>      43     4 H    1   -3.838776   18.162972    1.651090      1.00       1.0079</div><div>      44     3 N    7   -4.532245   20.121394    1.812863      5.00      14.0067</div><div>      45     1 C    6   -5.777022   19.751101    1.792510      4.00      12.0107</div>
<div>      46     4 H    1   -6.080165   18.701906    1.766611      1.00       1.0079</div><div>      47     1 C    6    2.646041   18.131765    1.941491      4.00      12.0107</div><div>      48     2 O    8    3.479618   17.253605    2.178507      6.00      15.9994</div>
<div>      49     3 N    7    2.999690   19.457938    1.676625      5.00      14.0067</div><div>      50     4 H    1    2.284391   20.138513    1.414152      1.00       1.0079</div><div>      51     3 N    7    4.328573   19.802823    1.614121      5.00      14.0067</div>
<div>      52     1 C    6    4.622878   21.037387    1.330981      4.00      12.0107</div><div>      53     4 H    1    3.862143   21.798864    1.143615      1.00       1.0079</div><div>      54     1 C    6    6.023316   21.452319    1.297195      4.00      12.0107</div>
<div>      55     1 C    6    7.049959   20.501562    1.477930      4.00      12.0107</div><div>      56     1 C    6    6.391426   22.814029    1.110124      4.00      12.0107</div><div>      57     4 H    1    6.750135   19.469979    1.598493      1.00       1.0079</div>
<div>      58     2 O    8    5.363109   23.704880    0.828905      6.00      15.9994</div><div>      59     1 C    6    0.232623   10.002105    1.522706      4.00      12.0107</div><div>      60     1 C    6    1.221192    8.985973    1.413833      4.00      12.0107</div>
<div>      61     1 C    6   -1.113158    9.614794    1.698381      4.00      12.0107</div><div>      62     4 H    1   -1.844777   10.405581    1.786061      1.00       1.0079</div><div>      63     2 O    8    2.530712    9.410258    1.215186      6.00      15.9994</div>
<div>      64     1 C    6   -8.872618   22.734811    1.721813      4.00      12.0107</div><div>      65     1 C    6   -9.192492   21.361308    1.778442      4.00      12.0107</div><div>      66     1 C    6   -7.502811   23.112769    1.770364      4.00      12.0107</div>
<div>      67     1 C    6   -8.202031   20.383213    1.826980      4.00      12.0107</div><div>      68     4 H    1  -10.241291   21.099053    1.758425      1.00       1.0079</div><div>      69     1 C    6   -6.511784   22.136451    1.791352      4.00      12.0107</div>
<div>      70     1 C    6   -6.831645   20.761155    1.801703      4.00      12.0107</div><div>      71     4 H    1   -5.462807   22.398000    1.798851      1.00       1.0079</div><div>      72     2 O    8   -8.464316   19.019618    1.891931      6.00      15.9994</div>
<div>      73     2 O    8   -7.246899   24.479422    1.794795      6.00      15.9994</div><div>      74     1 C    6   12.157375   25.597616    1.528068      4.00      12.0107</div><div>      75     2 O    8   11.348324   26.528684    1.390295      6.00      15.9994</div>
<div>      76     3 N    7   11.769055   24.267382    1.607318      5.00      14.0067</div><div>      77     4 H    1   12.452141   23.540487    1.825579      1.00       1.0079</div><div>      78     3 N    7   10.443958   23.932436    1.485774      5.00      14.0067</div>
<div>      79     1 C    6   10.147692   22.666816    1.523948      4.00      12.0107</div><div>      80     1 C    6    8.754623   22.243115    1.408120      4.00      12.0107</div><div>      81     1 C    6    7.728769   23.190163    1.205315      4.00      12.0107</div>
<div>      82     1 C    6    8.391580   20.869166    1.497274      4.00      12.0107</div><div>      83     4 H    1    8.026102   24.225555    1.114543      1.00       1.0079</div><div>      84     2 O    8    9.433453   19.957998    1.601257      6.00      15.9994</div>
<div>      85     4 H    1   10.905124   21.891671    1.654289      1.00       1.0079</div><div>      86     1 C    6    2.467833    0.713323    5.144979      4.00      12.0107</div><div>      87     2 O    8    3.293753   -0.201844    5.298785      6.00      15.9994</div>
<div>      88     3 N    7    2.841945    2.044648    5.105249      5.00      14.0067</div><div>      89     4 H    1    2.138215    2.783958    5.086677      1.00       1.0079</div><div>      90     3 N    7    4.168831    2.377853    5.198978      5.00      14.0067</div>
<div>      91     1 C    6    4.451754    3.642811    5.284543      4.00      12.0107</div><div>      92     4 H    1    3.683727    4.416990    5.323951      1.00       1.0079</div><div>      93     1 C    6    5.848200    4.061868    5.298130      4.00      12.0107</div>
<div>      94     1 C    6    6.882642    3.107164    5.181079      4.00      12.0107</div><div>      95     1 C    6    6.194694    5.436855    5.388067      4.00      12.0107</div><div>      96     4 H    1    6.589236    2.068717    5.116238      1.00       1.0079</div>
<div>      97     2 O    8    5.143651    6.328610    5.576830      6.00      15.9994</div><div>      98     1 C    6   13.875984    9.807513    4.909826      4.00      12.0107</div><div>      99     1 C    6   15.231793   10.162762    4.874510      4.00      12.0107</div>
<div>     100     1 C    6   13.477848    8.455609    4.878201      4.00      12.0107</div><div>     101     1 C    6   16.200101    9.142196    4.811275      4.00      12.0107</div><div>     102     1 C    6   14.463079    7.461360    4.809458      4.00      12.0107</div>
<div>     103     1 C    6   15.831996    7.791656    4.785745      4.00      12.0107</div><div>     104     4 H    1   17.233398    9.469297    4.780297      1.00       1.0079</div><div>     105     4 H    1   14.226298    6.404297    4.760213      1.00       1.0079</div>
<div>     106     1 C    6   16.800485    6.630901    4.723294      4.00      12.0107</div><div>     107     2 O    8   16.412838    5.466265    4.605775      6.00      15.9994</div><div>     108     3 N    7   18.154149    6.964414    4.822059      5.00      14.0067</div>
<div>     109     4 H    1   18.438849    7.935476    4.958135      1.00       1.0079</div><div>     110     3 N    7   19.100026    5.967244    4.885433      5.00      14.0067</div><div>     111     1 C    6   20.343165    6.331684    4.998950      4.00      12.0107</div>
<div>     112     4 H    1   20.645476    7.381217    5.033509      1.00       1.0079</div><div>     113     1 C    6   15.772225   11.577284    4.905134      4.00      12.0107</div><div>     114     2 O    8   16.980634   11.806437    5.000623      6.00      15.9994</div>
<div>     115     3 N    7   14.822852   12.596956    4.815014      5.00      14.0067</div><div>     116     4 H    1   13.833022   12.376011    4.694589      1.00       1.0079</div><div>     117     3 N    7   15.221522   13.911623    4.898680      5.00      14.0067</div>
<div>     118     1 C    6   14.292868   14.816238    4.810045      4.00      12.0107</div><div>     119     4 H    1   13.079258   10.541110    4.967773      1.00       1.0079</div><div>     120     1 C    6   11.986367    8.190687    4.887520      4.00      12.0107</div>
<div>     121     2 O    8   11.153783    9.095567    4.800320      6.00      15.9994</div><div>     122     3 N    7   11.603057    6.852132    4.989238      5.00      14.0067</div><div>     123     4 H    1   12.298517    6.113354    5.103713      1.00       1.0079</div>
<div>     124     3 N    7   10.264487    6.537430    5.010339      5.00      14.0067</div><div>     125     1 C    6    9.959100    5.278371    5.098846      4.00      12.0107</div><div>     126     1 C    6   29.041303    1.022678    4.981487      4.00      12.0107</div>
<div>     127     1 C    6   30.397211    1.392628    5.032679      4.00      12.0107</div><div>     128     4 H    1   30.603604    2.452862    5.123543      1.00       1.0079</div><div>     129     1 C    6   28.035455    2.139898    5.047799      4.00      12.0107</div>
<div>     130     2 O    8   28.393308    3.325874    5.076970      6.00      15.9994</div><div>     131     3 N    7   26.700290    1.762223    5.096028      5.00      14.0067</div><div>     132     4 H    1   26.440849    0.807498    5.350809      1.00       1.0079</div>
<div>     133     3 N    7   25.739241    2.739506    5.088134      5.00      14.0067</div><div>     134     1 C    6   24.505243    2.355357    5.217575      4.00      12.0107</div><div>     135     4 H    1   24.223154    1.308135    5.337606      1.00       1.0079</div>
<div>     136     1 C    6    8.562606    4.867478    5.173141      4.00      12.0107</div><div>     137     1 C    6    7.530168    5.820612    5.305598      4.00      12.0107</div><div>     138     1 C    6    8.218464    3.488292    5.122476      4.00      12.0107</div>
<div>     139     4 H    1    7.819498    6.861303    5.360586      1.00       1.0079</div><div>     140     1 C    6   14.628992   16.233526    4.898933      4.00      12.0107</div><div>     141     1 C    6   15.958210   16.660459    5.110679      4.00      12.0107</div>
<div>     142     1 C    6   13.610836   17.220947    4.781298      4.00      12.0107</div><div>     143     4 H    1   16.712690   15.894124    5.226710      1.00       1.0079</div><div>     144     2 O    8   12.316709   16.752511    4.609563      6.00      15.9994</div>
<div>     145     2 O    8    9.277624    2.596357    4.998647      6.00      15.9994</div><div>     146     1 C    6   21.398230    5.325661    5.079595      4.00      12.0107</div><div>     147     1 C    6   21.082563    3.949160    5.106859      4.00      12.0107</div>
<div>     148     1 C    6   22.769390    5.705815    5.115951      4.00      12.0107</div><div>     149     1 C    6   22.075942    2.976142    5.170653      4.00      12.0107</div><div>     150     1 C    6   23.759860    4.730581    5.174132      4.00      12.0107</div>
<div>     151     1 C    6   23.444655    3.357037    5.193677      4.00      12.0107</div><div>     152     4 H    1   24.807882    4.994248    5.196625      1.00       1.0079</div><div>     153     2 O    8   21.824150    1.609820    5.190588      6.00      15.9994</div>
<div>     154     2 O    8   23.038593    7.067439    5.093763      6.00      15.9994</div><div>     155     4 H    1   10.717228    4.492236    5.125657      1.00       1.0079</div><div>     156     4 H    1   13.239910   14.560156    4.669692      1.00       1.0079</div>
<div>     157     1 C    6   15.603703   20.418002    5.003770      4.00      12.0107</div><div>     158     4 H    1   16.654624   20.702344    5.079245      1.00       1.0079</div><div>     159     3 N    7   14.645541   21.290269    4.910690      5.00      14.0067</div>
<div>     160     3 N    7   15.005162   22.612593    4.891414      5.00      14.0067</div><div>     161     1 C    6   14.021781   23.592199    4.879208      4.00      12.0107</div><div>     162     2 O    8   12.812150   23.326523    4.888393      6.00      15.9994</div>
<div>     163     1 C    6   14.503879   25.016881    4.882629      4.00      12.0107</div><div>     164     1 C    6   15.844976   25.406322    4.918437      4.00      12.0107</div><div>     165     1 C    6   13.505591   26.004209    4.898037      4.00      12.0107</div>
<div>     166     1 C    6   15.274967   18.996581    5.008019      4.00      12.0107</div><div>     167     1 C    6   16.282294   18.012290    5.194068      4.00      12.0107</div><div>     168     1 C    6   13.943584   18.570396    4.816965      4.00      12.0107</div>
<div>     169     4 H    1   13.193067   19.338336    4.692573      1.00       1.0079</div><div>     170     2 O    8   17.559322   18.485579    5.480112      6.00      15.9994</div><div>     171     1 C    6   31.407233    0.426535    5.004765      4.00      12.0107</div>
<div>     172     1 C    6   20.447287    1.171333    5.096403      4.00      12.0107</div><div>     173     4 H    1   19.856904    1.514659    5.955674      1.00       1.0079</div><div>     174     4 H    1   19.978154    1.522002    4.168403      1.00       1.0079</div>
<div>     175     4 H    1   20.492709    0.079555    5.095417      1.00       1.0079</div><div>     176     1 C    6   24.425551    7.483682    5.009280      4.00      12.0107</div><div>     177     4 H    1   24.997876    7.165258    5.889600      1.00       1.0079</div>
<div>     178     4 H    1   24.907078    7.088452    4.105974      1.00       1.0079</div><div>     179     4 H    1   24.396854    8.574644    4.966374      1.00       1.0079</div><div>     180     1 C    6   11.237933   17.725056    4.600871      4.00      12.0107</div>
<div>     181     4 H    1   11.213970   18.301066    5.534684      1.00       1.0079</div><div>     182     4 H    1   11.322395   18.414540    3.751709      1.00       1.0079</div><div>     183     4 H    1   10.322300   17.137431    4.505343      1.00       1.0079</div>
<div>     184     1 C    6   18.667519   17.566050    5.321313      4.00      12.0107</div><div>     185     4 H    1   18.661028   16.790095    6.097469      1.00       1.0079</div><div>     186     4 H    1   18.651368   17.092324    4.331964      1.00       1.0079</div>
<div>     187     4 H    1   19.569356   18.174238    5.422909      1.00       1.0079</div><div>     188     1 C    6    5.656344   25.125492    0.910169      4.00      12.0107</div><div>     189     4 H    1    6.063194   25.392109    1.893579      1.00       1.0079</div>
<div>     190     4 H    1    6.359099   25.437995    0.127691      1.00       1.0079</div><div>     191     4 H    1    4.697184   25.625246    0.758318      1.00       1.0079</div><div>     192     1 C    6    9.110977   18.544827    1.593070      4.00      12.0107</div>
<div>     193     4 H    1    8.532472   18.259150    2.480643      1.00       1.0079</div><div>     194     4 H    1    8.553436   18.269272    0.689104      1.00       1.0079</div><div>     195     4 H    1   10.074439   18.030189    1.601866      1.00       1.0079</div>
<div>     196     1 C    6   -5.864259   24.910824    1.804647      4.00      12.0107</div><div>     197     4 H    1   -5.335840   24.540125    2.692064      1.00       1.0079</div><div>     198     4 H    1   -5.335310   24.582104    0.901129      1.00       1.0079</div>
<div>     199     4 H    1   -5.904000   26.002184    1.832266      1.00       1.0079</div><div>     200     1 C    6   -9.840226   18.609149    2.098260      4.00      12.0107</div><div>     201     4 H    1  -10.246482   19.038641    3.022419      1.00       1.0079</div>
<div>     202     4 H    1  -10.480845   18.896528    1.255896      1.00       1.0079</div><div>     203     4 H    1   -9.808186   17.520278    2.178356      1.00       1.0079</div><div>     204     1 C    6   -3.843079    8.848171    1.915131      4.00      12.0107</div>
<div>     205     4 H    1   -3.775715    9.567257    2.741540      1.00       1.0079</div><div>     206     4 H    1   -3.818076    9.386631    0.959498      1.00       1.0079</div><div>     207     4 H    1   -4.774821    8.283400    1.996410      1.00       1.0079</div>
<div>     208     1 C    6    3.588280    8.432183    1.402671      4.00      12.0107</div><div>     209     4 H    1    3.529752    7.972482    2.397251      1.00       1.0079</div><div>     210     4 H    1    3.557149    7.648320    0.635711      1.00       1.0079</div>
<div>     211     4 H    1    4.519710    8.995109    1.309577      1.00       1.0079</div><div>     212     1 C    6    8.973121    1.177529    4.986268      4.00      12.0107</div><div>     213     4 H    1    8.463907    0.867720    5.907776      1.00       1.0079</div>
<div>     214     4 H    1    8.353628    0.907426    4.121399      1.00       1.0079</div><div>     215     4 H    1    9.941157    0.676530    4.914457      1.00       1.0079</div><div>     216     1 C    6    5.388091    7.730455    5.295464      4.00      12.0107</div>
<div>     217     4 H    1    6.031322    8.186629    6.058736      1.00       1.0079</div><div>     218     4 H    1    5.844566    7.863045    4.306813      1.00       1.0079</div><div>     219     4 H    1    4.404779    8.206641    5.314235      1.00       1.0079</div>
<div>     220     1 C    6   -1.168665    0.856327    1.673511      4.00      12.0107</div><div>     221     1 C    6   14.625932   24.854541    1.581900      4.00      12.0107</div><div>     222     1 C    6   13.641125   25.846624    1.609175      4.00      12.0107</div>
<div>     223     4 H    1   16.661348   24.693816    4.914335      1.00       1.0079</div><div>     224     4 H    1   12.480712   25.656113    4.850315      1.00       1.0079</div><div>     225     4 H    1   14.389984   23.798978    1.511887      1.00       1.0079</div>
<div>     226     4 H    1   -1.965726    1.590064    1.657663      1.00       1.0079</div><div>     227     1 C    6    0.049201    1.427372    8.313034      4.00      12.0107</div><div>     228     1 C    6    0.552045    2.843234    8.306961      4.00      12.0107</div>
<div>     229     2 O    8    1.743378    3.106758    8.093865      6.00      15.9994</div><div>     230     3 N    7   -0.401112    3.832248    8.515114      5.00      14.0067</div><div>     231     4 H    1   -1.346147    3.598114    8.825986      1.00       1.0079</div>
<div>     232     3 N    7   -0.032996    5.152633    8.407284      5.00      14.0067</div><div>     233     1 C    6   -0.985099    6.033665    8.492160      4.00      12.0107</div><div>     234     1 C    6   -0.657645    7.456287    8.446420      4.00      12.0107</div>
<div>     235     1 C    6    0.674875    7.889432    8.588826      4.00      12.0107</div><div>     236     1 C    6   -1.673032    8.438710    8.284211      4.00      12.0107</div><div>     237     4 H    1    1.431079    7.128105    8.720470      1.00       1.0079</div>
<div>     238     2 O    8   -2.963381    7.956430    8.104577      6.00      15.9994</div><div>     239     4 H    1   -2.034773    5.754737    8.601500      1.00       1.0079</div><div>     240     1 C    6  -14.185717   26.745708    8.285379      4.00      12.0107</div>
<div>     241     1 C    6  -14.561684   25.403459    8.170206      4.00      12.0107</div><div>     242     4 H    1  -13.148043   27.052275    8.342546      1.00       1.0079</div><div>     243     1 C    6  -13.603234   24.246778    8.118460      4.00      12.0107</div>
<div>     244     2 O    8  -13.997283   23.076792    8.209711      6.00      15.9994</div><div>     245     3 N    7  -12.257867   24.583725    8.012986      5.00      14.0067</div><div>     246     4 H    1  -11.982334   25.485305    7.614022      1.00       1.0079</div>
<div>     247     3 N    7  -11.310446   23.605411    8.185793      5.00      14.0067</div><div>     248     1 C    6  -10.066837   23.973495    8.097894      4.00      12.0107</div><div>     249     4 H    1   -9.771945   25.005697    7.902161      1.00       1.0079</div>
<div>     250     1 C    6    0.330344   11.649279    8.403140      4.00      12.0107</div><div>     251     4 H    1    1.375251   11.921271    8.571150      1.00       1.0079</div><div>     252     3 N    7   -0.597391   12.535593    8.191912      5.00      14.0067</div>
<div>     253     3 N    7   -0.224254   13.861146    8.211290      5.00      14.0067</div><div>     254     4 H    1    0.727466   14.117312    8.480214      1.00       1.0079</div><div>     255     1 C    6   -1.185851   14.850100    7.983632      4.00      12.0107</div>
<div>     256     2 O    8   -2.359786   14.583031    7.719975      6.00      15.9994</div><div>     257     1 C    6   -0.706743   16.281861    8.081262      4.00      12.0107</div><div>     258     1 C    6    0.631439   16.687754    8.019005      4.00      12.0107</div>
<div>     259     1 C    6   -1.711076   17.264235    8.186077      4.00      12.0107</div><div>     260     1 C    6    0.978334   18.053728    8.091689      4.00      12.0107</div><div>     261     4 H    1    1.445602   15.983899    7.888862      1.00       1.0079</div>
<div>     262     1 C    6   -1.388234   18.625586    8.231206      4.00      12.0107</div><div>     263     4 H    1   -2.733487   16.903782    8.208433      1.00       1.0079</div><div>     264     1 C    6   -0.035467   19.008493    8.194298      4.00      12.0107</div>
<div>     265     4 H    1    0.162455   20.074135    8.222873      1.00       1.0079</div><div>     266     1 C    6   -2.382559   19.756388    8.316459      4.00      12.0107</div><div>     267     2 O    8   -2.019543   20.932782    8.393797      6.00      15.9994</div>
<div>     268     3 N    7   -3.728553   19.391101    8.309970      5.00      14.0067</div><div>     269     4 H    1   -4.008712   18.412006    8.236814      1.00       1.0079</div><div>     270     3 N    7   -4.683076   20.374715    8.386293      5.00      14.0067</div>
<div>     271     1 C    6   -5.926713   20.002391    8.396556      4.00      12.0107</div><div>     272     4 H    1   -6.229110   18.953294    8.359894      1.00       1.0079</div><div>     273     1 C    6    2.448184   18.371750    8.011235      4.00      12.0107</div>
<div>     274     2 O    8    3.262833   17.491192    7.720416      6.00      15.9994</div><div>     275     3 N    7    2.827027   19.687616    8.291341      5.00      14.0067</div><div>     276     4 H    1    2.121603   20.392042    8.512382      1.00       1.0079</div>
<div>     277     3 N    7    4.159066   20.039241    8.267955      5.00      14.0067</div><div>     278     1 C    6    4.455498   21.298430    8.410376      4.00      12.0107</div><div>     279     4 H    1    3.692811   22.069048    8.545441      1.00       1.0079</div>
<div>     280     1 C    6    5.850952   21.729311    8.377149      4.00      12.0107</div><div>     281     1 C    6    6.883265   20.781963    8.202577      4.00      12.0107</div><div>     282     1 C    6    6.210247   23.102602    8.483997      4.00      12.0107</div>
<div>     283     4 H    1    6.594129   19.752550    8.082737      1.00       1.0079</div><div>     284     2 O    8    5.175660   24.012352    8.681046      6.00      15.9994</div><div>     285     1 C    6   -0.002060   10.226230    8.422248      4.00      12.0107</div>
<div>     286     1 C    6    1.010419    9.240791    8.589509      4.00      12.0107</div><div>     287     1 C    6   -1.339868    9.791225    8.280690      4.00      12.0107</div><div>     288     4 H    1   -2.095136   10.554165    8.150909      1.00       1.0079</div>
<div>     289     2 O    8    2.312931    9.691597    8.777856      6.00      15.9994</div><div>     290     1 C    6   -9.014046   22.976446    8.258183      4.00      12.0107</div><div>     291     1 C    6   -9.335068   21.603884    8.304777      4.00      12.0107</div>
<div>     292     1 C    6   -7.645280   23.358879    8.336463      4.00      12.0107</div><div>     293     1 C    6   -8.346020   20.629104    8.383392      4.00      12.0107</div><div>     294     4 H    1  -10.382145   21.340550    8.249891      1.00       1.0079</div>
<div>     295     1 C    6   -6.652812   22.385985    8.440839      4.00      12.0107</div><div>     296     1 C    6   -6.977350   21.011515    8.421646      4.00      12.0107</div><div>     297     4 H    1   -5.605218   22.649062    8.482282      1.00       1.0079</div>
<div>     298     2 O    8   -8.606525   19.263641    8.394123      6.00      15.9994</div><div>     299     2 O    8   -7.395631   24.726103    8.297165      6.00      15.9994</div><div>     300     1 C    6   12.026439   25.817302    8.116693      4.00      12.0107</div>
<div>     301     2 O    8   11.214165   26.745060    7.990332      6.00      15.9994</div><div>     302     3 N    7   11.633071   24.488803    8.193343      5.00      14.0067</div><div>     303     4 H    1   12.305468   23.758264    8.433096      1.00       1.0079</div>
<div>     304     3 N    7   10.297880   24.179979    8.122594      5.00      14.0067</div><div>     305     1 C    6    9.983458   22.923107    8.211249      4.00      12.0107</div><div>     306     1 C    6    8.580214   22.523004    8.238406      4.00      12.0107</div>
<div>     307     1 C    6    7.551545   23.475767    8.396516      4.00      12.0107</div><div>     308     1 C    6    8.220733   21.150891    8.151217      4.00      12.0107</div><div>     309     4 H    1    7.848576   24.512495    8.472313      1.00       1.0079</div>
<div>     310     2 O    8    9.270401   20.252966    8.005975      6.00      15.9994</div><div>     311     4 H    1   10.735568   22.135756    8.286798      1.00       1.0079</div><div>     312     1 C    6    2.278469    0.866026   11.677118      4.00      12.0107</div>
<div>     313     2 O    8    3.102037   -0.035452   11.903053      6.00      15.9994</div><div>     314     3 N    7    2.649269    2.186408   11.486375      5.00      14.0067</div><div>     315     4 H    1    1.951417    2.890849   11.242383      1.00       1.0079</div>
<div>     316     3 N    7    3.966228    2.551473   11.605746      5.00      14.0067</div><div>     317     1 C    6    4.235675    3.818101   11.493674      4.00      12.0107</div><div>     318     4 H    1    3.466244    4.569449   11.306622      1.00       1.0079</div>
<div>     319     1 C    6    5.618785    4.265376   11.609866      4.00      12.0107</div><div>     320     1 C    6    6.643620    3.332478   11.877076      4.00      12.0107</div><div>     321     1 C    6    5.969358    5.636642   11.471182      4.00      12.0107</div>
<div>     322     4 H    1    6.347551    2.301538   12.010274      1.00       1.0079</div><div>     323     2 O    8    4.923502    6.539399   11.306073      6.00      15.9994</div><div>     324     1 C    6   13.671263    9.923739   11.211267      4.00      12.0107</div>
<div>     325     1 C    6   15.022961   10.281358   11.208789      4.00      12.0107</div><div>     326     1 C    6   13.275774    8.573434   11.193192      4.00      12.0107</div><div>     327     1 C    6   15.993987    9.258739   11.185121      4.00      12.0107</div>
<div>     328     1 C    6   14.254712    7.572382   11.159001      4.00      12.0107</div><div>     329     1 C    6   15.623720    7.906700   11.157186      4.00      12.0107</div><div>     330     4 H    1   17.028958    9.581662   11.154971      1.00       1.0079</div>
<div>     331     4 H    1   14.011809    6.517861   11.091360      1.00       1.0079</div><div>     332     1 C    6   16.583428    6.740962   11.071883      4.00      12.0107</div><div>     333     2 O    8   16.195235    5.596392   10.825118      6.00      15.9994</div>
<div>     334     3 N    7   17.927845    7.044576   11.290751      5.00      14.0067</div><div>     335     4 H    1   18.219721    8.005359   11.476810      1.00       1.0079</div><div>     336     3 N    7   18.872890    6.048117   11.212445      5.00      14.0067</div>
<div>     337     1 C    6   20.119110    6.405590   11.302828      4.00      12.0107</div><div>     338     4 H    1   20.423279    7.450559   11.401056      1.00       1.0079</div><div>     339     1 C    6   15.538481   11.704313   11.206006      4.00      12.0107</div>
<div>     340     2 O    8   16.740896   11.953270   11.115581      6.00      15.9994</div><div>     341     3 N    7   14.577133   12.714750   11.316898      5.00      14.0067</div><div>     342     4 H    1   13.581310   12.490352   11.332321      1.00       1.0079</div>
<div>     343     3 N    7   14.979835   14.031544   11.392035      5.00      14.0067</div><div>     344     1 C    6   14.048185   14.938918   11.378993      4.00      12.0107</div><div>     345     4 H    1   12.870815   10.654967   11.204826      1.00       1.0079</div>
<div>     346     1 C    6   11.789498    8.326617   11.155641      4.00      12.0107</div><div>     347     2 O    8   10.985669    9.229752   10.917675      6.00      15.9994</div><div>     348     3 N    7   11.391964    7.015094   11.413482      5.00      14.0067</div>
<div>     349     4 H    1   12.077710    6.311053   11.691677      1.00       1.0079</div><div>     350     3 N    7   10.054467    6.701152   11.411510      5.00      14.0067</div><div>     351     1 C    6    9.735447    5.476896   11.707023      4.00      12.0107</div>
<div>     352     1 C    6   28.851328    1.172473   11.516233      4.00      12.0107</div><div>     353     1 C    6   30.204199    1.543183   11.602573      4.00      12.0107</div><div>     354     4 H    1   30.413974    2.601550   11.707664      1.00       1.0079</div>
<div>     355     1 C    6   27.848420    2.292593   11.515991      4.00      12.0107</div><div>     356     2 O    8   28.198033    3.481857   11.485643      6.00      15.9994</div><div>     357     3 N    7   26.513722    1.903878   11.519094      5.00      14.0067</div>
<div>     358     4 H    1   26.258623    0.947618   11.774178      1.00       1.0079</div><div>     359     3 N    7   25.536926    2.855380   11.396017      5.00      14.0067</div><div>     360     1 C    6   24.301209    2.451662   11.408501      4.00      12.0107</div>
<div>     361     4 H    1   24.024946    1.400204   11.507148      1.00       1.0079</div><div>     362     1 C    6    8.335084    5.073528   11.725424      4.00      12.0107</div><div>     363     1 C    6    7.308798    6.013999   11.499905      4.00      12.0107</div>
<div>     364     1 C    6    7.975378    3.720241   11.965836      4.00      12.0107</div><div>     365     4 H    1    7.607729    7.040845   11.342871      1.00       1.0079</div><div>     366     1 C    6   14.389919   16.356808   11.487459      4.00      12.0107</div>
<div>     367     1 C    6   15.702046   16.771166   11.801609      4.00      12.0107</div><div>     368     1 C    6   13.401278   17.360760   11.278312      4.00      12.0107</div><div>     369     4 H    1   16.439223   15.998349   11.972494      1.00       1.0079</div>
<div>     370     2 O    8   12.134417   16.915954   10.919387      6.00      15.9994</div><div>     371     2 O    8    9.014822    2.855461   12.272768      6.00      15.9994</div><div>     372     1 C    6   21.175465    5.399287   11.275035      4.00      12.0107</div>
<div>     373     1 C    6   20.865494    4.022847   11.293088      4.00      12.0107</div><div>     374     1 C    6   22.543871    5.784830   11.219926      4.00      12.0107</div><div>     375     1 C    6   21.862863    3.052002   11.276048      4.00      12.0107</div>
<div>     376     1 C    6   23.539114    4.815046   11.269548      4.00      12.0107</div><div>     377     1 C    6   23.230503    3.439032   11.309415      4.00      12.0107</div><div>     378     4 H    1   24.586039    5.083739   11.276528      1.00       1.0079</div>
<div>     379     2 O    8   21.607320    1.686014   11.211219      6.00      15.9994</div><div>     380     2 O    8   22.798559    7.144571   11.112179      6.00      15.9994</div><div>     381     4 H    1   10.483564    4.715619   11.939904      1.00       1.0079</div>
<div>     382     4 H    1   12.989417   14.688562   11.275569      1.00       1.0079</div><div>     383     1 C    6   15.397486   20.544570   11.709185      4.00      12.0107</div><div>     384     4 H    1   16.439672   20.814082   11.890785      1.00       1.0079</div>
<div>     385     3 N    7   14.465927   21.430087   11.511626      5.00      14.0067</div><div>     386     3 N    7   14.830468   22.755211   11.509074      5.00      14.0067</div><div>     387     1 C    6   13.841655   23.732250   11.421670      4.00      12.0107</div>
<div>     388     2 O    8   12.636083   23.451788   11.380745      6.00      15.9994</div><div>     389     1 C    6   14.313696   25.162603   11.429677      4.00      12.0107</div><div>     390     1 C    6   15.652973   25.556609   11.495819      4.00      12.0107</div>
<div>     391     1 C    6   13.316696   26.151708   11.419318      4.00      12.0107</div><div>     392     1 C    6   15.054501   19.122058   11.685236      4.00      12.0107</div><div>     393     1 C    6   16.037999   18.119972   11.911501      4.00      12.0107</div>
<div>     394     1 C    6   13.738210   18.707126   11.388704      4.00      12.0107</div><div>     395     4 H    1   13.005600   19.482324   11.212123      1.00       1.0079</div><div>     396     2 O    8   17.307757   18.561950   12.270941      6.00      15.9994</div>
<div>     397     1 C    6   31.214233    0.576351   11.580247      4.00      12.0107</div><div>     398     1 C    6   20.228362    1.254820   11.336822      4.00      12.0107</div><div>     399     4 H    1   19.790091    1.595942   12.282855      1.00       1.0079</div>
<div>     400     4 H    1   19.618460    1.616778   10.499697      1.00       1.0079</div><div>     401     4 H    1   20.261127    0.164133   11.319268      1.00       1.0079</div><div>     402     1 C    6   24.182513    7.580505   11.107474      4.00      12.0107</div>
<div>     403     4 H    1   24.691373    7.308646   12.041090      1.00       1.0079</div><div>     404     4 H    1   24.732250    7.158025   10.256831      1.00       1.0079</div><div>     405     4 H    1   24.140405    8.667915   11.013497      1.00       1.0079</div>
<div>     406     1 C    6   11.053516   17.887445   10.912418      4.00      12.0107</div><div>     407     4 H    1   10.958434   18.385114   11.885959      1.00       1.0079</div><div>     408     4 H    1   11.195202   18.642676   10.129469      1.00       1.0079</div>
<div>     409     4 H    1   10.150412   17.310136   10.702401      1.00       1.0079</div><div>     410     1 C    6   18.415046   17.643415   12.085229      4.00      12.0107</div><div>     411     4 H    1   18.416547   16.856718   12.850350      1.00       1.0079</div>
<div>     412     4 H    1   18.387962   17.184333   11.089397      1.00       1.0079</div><div>     413     4 H    1   19.318014   18.250851   12.184060      1.00       1.0079</div><div>     414     1 C    6    5.484572   25.421344    8.495138      4.00      12.0107</div>
<div>     415     4 H    1    6.171208   25.792785    9.265459      1.00       1.0079</div><div>     416     4 H    1    5.917974   25.605178    7.504433      1.00       1.0079</div><div>     417     4 H    1    4.527042   25.939194    8.582681      1.00       1.0079</div>
<div>     418     1 C    6    8.962003   18.835634    7.993154      4.00      12.0107</div><div>     419     4 H    1    8.463656   18.530825    8.922514      1.00       1.0079</div><div>     420     4 H    1    8.335153   18.567948    7.136090      1.00       1.0079</div>
<div>     421     4 H    1    9.928309   18.332135    7.915742      1.00       1.0079</div><div>     422     1 C    6   -6.017993   25.169795    8.343455      4.00      12.0107</div><div>     423     4 H    1   -5.529666   24.862268    9.276788      1.00       1.0079</div>
<div>     424     4 H    1   -5.444800   24.786804    7.489488      1.00       1.0079</div><div>     425     4 H    1   -6.065055   26.260496    8.296402      1.00       1.0079</div><div>     426     1 C    6   -9.990284   18.838583    8.491976      4.00      12.0107</div>
<div>     427     4 H    1  -10.456071   19.214177    9.412135      1.00       1.0079</div><div>     428     4 H    1  -10.580034   19.168990    7.627933      1.00       1.0079</div><div>     429     4 H    1   -9.955203   17.747105    8.513622      1.00       1.0079</div>
<div>     430     1 C    6   -4.049330    8.916668    8.094818      4.00      12.0107</div><div>     431     4 H    1   -4.062496    9.513824    9.015226      1.00       1.0079</div><div>     432     4 H    1   -3.984892    9.584368    7.226414      1.00       1.0079</div>
<div>     433     4 H    1   -4.962434    8.320530    8.030338      1.00       1.0079</div><div>     434     1 C    6    3.383864    8.750681    8.489682      4.00      12.0107</div><div>     435     4 H    1    3.424704    7.938976    9.225158      1.00       1.0079</div>
<div>     436     4 H    1    3.268551    8.320722    7.487831      1.00       1.0079</div><div>     437     4 H    1    4.305151    9.334772    8.542253      1.00       1.0079</div><div>     438     1 C    6    8.711418    1.441847   12.394022      4.00      12.0107</div>
<div>     439     4 H    1    8.027871    1.248428   13.230154      1.00       1.0079</div><div>     440     4 H    1    8.276267    1.045288   11.468013      1.00       1.0079</div><div>     441     4 H    1    9.671440    0.957565   12.585811      1.00       1.0079</div>
<div>     442     1 C    6    5.250263    7.951845   11.376128      4.00      12.0107</div><div>     443     4 H    1    5.808060    8.183059   12.291106      1.00       1.0079</div><div>     444     4 H    1    5.833329    8.270288   10.503448      1.00       1.0079</div>
<div>     445     4 H    1    4.292142    8.475287   11.389691      1.00       1.0079</div><div>     446     1 C    6   -1.303301    1.079030    8.277738      4.00      12.0107</div><div>     447     1 C    6   14.483323   25.077098    8.113177      4.00      12.0107</div>
<div>     448     1 C    6   13.505044   26.070778    8.186687      4.00      12.0107</div><div>     449     4 H    1   16.470874   24.845863   11.493488      1.00       1.0079</div><div>     450     4 H    1   12.293587   25.804470   11.340728      1.00       1.0079</div>
<div>     451     4 H    1   14.240417   24.027385    7.996122      1.00       1.0079</div><div>     452     4 H    1   -2.094991    1.818843    8.276901      1.00       1.0079</div><div>     453     4 H    1   15.816551   23.007373   11.584678      1.00       1.0079</div>
<div>     454     4 H    1   15.994225   22.862862    4.865095      1.00       1.0079</div><div>     455     4 H    1   19.818415    3.754537   11.306990      1.00       1.0079</div><div>     456     4 H    1   20.035264    3.682693    5.076397      1.00       1.0079</div>
<div>     457     1 C    6    5.806649   17.490837    8.572815      4.00      12.0107</div><div>     458     2 O    8    5.631223   17.579618    9.737602      6.00      15.9994</div><div>     459     2 O    8    6.070102   17.401574    7.427181      6.00      15.9994</div>
<div><br></div><div class="gmail_quote">On Wed, Nov 7, 2012 at 10:40 AM, Teodoro Laino <span dir="ltr"><<a href="mailto:teodor...@gmail.com" target="_blank">teodor...@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word">Can you check if your fragment contains all of the 456 atoms?<div>I guess your line is too long. Use 1..456 instead..</div><div><br></div><div><br><div><div><div class="h5"><div>On Nov 7, 2012, at 5:00 AM, Bonakala Satyanarayana wrote:</div>
<br></div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">Dear Hutter,<div>              I tried with input contains ur instructions but I still not getting energy convergence for 2nd fragment. I enclosed output  file. In put I changed like this:</div>
<div>&FORCE_EVAL</div><div>
  METHOD Quickstep</div><div>  &BSSE</div><div>    &FRAGMENT</div><div>      LIST 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 </div>

<div>    &END FRAGMENT</div><div>   &FRAGMENT</div><div>      LIST 457 458 459</div><div>    &END FRAGMENT</div><div>    &CONFIGURATION</div><div>     GLB_CONF 1 1</div><div>     SUB_CONF 1 1</div><div>     CHARGE 0</div>

<div>     MULTIPLICITY 1</div><div>    &END</div><div><br></div><div>  &CONFIGURATION</div><div>     GLB_CONF 1 0</div><div>     SUB_CONF 1 0</div><div>     CHARGE 0</div><div>     MULTIPLICITY 1</div><div>   &END</div>

<div><br></div><div>   &CONFIGURATION</div><div>     GLB_CONF 0 1</div><div>     SUB_CONF 0 1</div><div>     CHARGE 0</div><div>     MULTIPLICITY 1</div><div>   &END</div><div>   &CONFIGURATION</div><div>     GLB_CONF 1 1</div>

<div>     SUB_CONF 1 0</div><div>     CHARGE 0</div><div>     MULTIPLICITY 1</div><div>   &END</div><div>   &CONFIGURATION</div><div>     GLB_CONF 1 1</div><div>     SUB_CONF 0 1</div><div>     CHARGE 0 </div><div>

     MULTIPLICITY 1</div><div>   &END</div><div>  &END BSSE</div><div><br></div><div>  &DFT</div><div>    BASIS_SET_FILE_NAME /home/satya/basis/BASIS_MOLOPT</div><div>    POTENTIAL_FILE_NAME /home/satya/basis/POTENTIAL</div>

<div>    CHARGE = 0</div><div>    &MGRID</div><div>      CUTOFF 360</div><div>      NGRIDS 5</div><div>      REL_CUTOFF 40 </div><div>    &END MGRID</div><div>    &QS</div><div>      METHOD GPW</div><div>      EPS_DEFAULT 1.0E-12 </div>

<div>    &END QS</div><div>    &SCF</div><div>      SCF_GUESS ATOMIC  </div><div>      EPS_SCF 1.0E-7</div><div>      MAX_SCF 20</div><div>      &OT </div><div>       MINIMIZER CG  </div><div>       PRECONDITIONER FULL_ALL</div>

<div>       ENERGY_GAP 0.001</div><div>       LINESEARCH 3PNT</div><div>      &END OT</div><div>      &OUTER_SCF</div><div>       EPS_SCF 1E-7</div><div>       MAX_SCF 500</div><div>      &END OUTER_SCF     </div>

<div>    &END SCF</div><div>    &XC</div><div>     &XC_FUNCTIONAL BLYP</div><div>      &END XC_FUNCTIONAL</div><div>       &vdW_POTENTIAL</div><div>        DISPERSION_FUNCTIONAL PAIR_POTENTIAL</div><div>

        &PAIR_POTENTIAL</div><div>         TYPE DFTD3</div><div>         REFERENCE_FUNCTIONAL BLYP</div><div>         PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat</div><div>        &END PAIR_POTENTIAL</div><div>       &END vdW_POTENTIAL</div>

<div>      &END XC</div><div>  &END DFT</div><div><br></div><div>  &SUBSYS</div><div>    &CELL</div><div>      ABC 30.41 30.41 13.1</div><div>      ALPHA_BETA_GAMMA 90.0  90.  120.0  </div><div>    &END CELL</div>

<div><br></div><div>    &COORD</div><div>     @INCLUDE final_coor.xyz</div><div>    &END COORD</div><div><br></div><div>    &KIND H_ghost</div><div>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH</div><div>      GHOST</div>

<div>    &END KIND</div><div>    &KIND C_ghost</div><div>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH</div><div>      GHOST</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND N_ghost</div><div>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH</div>

<div>      GHOST</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND O_ghost </div><div>      BASIS_SET  DZVP-MOLOPT-SR-GTH</div><div>      GHOST</div><div>    &END KIND</div><div><br></div><div>    &KIND H</div>
<div>
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH</div><div>      POTENTIAL GTH-BLYP-q1</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND C</div><div>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH</div><div>      POTENTIAL GTH-BLYP-q4</div><div>
    &END KIND</div>
<div>    &KIND N</div><div>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH</div><div>      POTENTIAL GTH-BLYP-q5</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND O</div><div>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH</div><div>      POTENTIAL GTH-BLYP-q6</div>

<div>    &END KIND</div><div>  &END SUBSYS</div><div><br></div><div>&END FORCE_EVAL</div><div><br></div><div>&GLOBAL</div><div>  PROJECT cof3_co2 </div><div>  RUN_TYPE BSSE</div><div>  PRINT_LEVEL MEDIUM</div>

<div>&END GLOBAL</div><div>  <br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 6, 2012 at 7:05 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:hut...@pci.uzh.ch" target="_blank">hut...@pci.uzh.ch</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Hi<br>
<br>
without seeing the output (and the type of non-convergence)<br>
we will have to guess.<br>
<br>
>From your input my guess is a problem of accuracy. You require<br>
a tight SCF convergence but give a loose integral criteria.<br>
<br>
I would try (any of these):<br>
<br>
EPS_DEFAULT 1.0E-12<br>
CUTOFF   360<br>
LINESEARCH  3PNT<br>
MAX_SCF 20 (for the inner loop)<br>
<br>
regards<br>
<br>
Juerg<br>
<br>
--------------------------------------------------------------<br>
Juerg Hutter                         Phone : ++41 44 635 4491<br>
Physical Chemistry Institute   FAX   : ++41 44 635 6838<br>
University of Zurich               E-mail:  <a href="mailto:hut...@pci.uzh.ch" target="_blank">hut...@pci.uzh.ch</a><br>
Winterthurerstrasse 190<br>
CH-8057 Zurich, Switzerland<br>
---------------------------------------------------------------<br>
<br>
-----<a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a> wrote: -----<br>
To: <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a><br>
From: satya<br>
Sent by: <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a><br>
Date: 11/06/2012 09:34AM<br>
Subject: [CP2K:4156] Input file<br>
<div><div><br>
Sorry I forgot to attach input files.<br>
<br>
&FORCE_EVAL<br>
  METHOD Quickstep<br>
  &BSSE<br>
    &FRAGMENT<br>
      LIST 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456<br>


    &END FRAGMENT<br>
   &FRAGMENT<br>
      LIST 457 458 459<br>
    &END FRAGMENT<br>
    &CONFIGURATION<br>
     GLB_CONF 1 1<br>
     SUB_CONF 1 1<br>
     CHARGE 0<br>
     MULTIPLICITY 1<br>
    &END<br>
<br>
  &CONFIGURATION<br>
     GLB_CONF 1 0<br>
     SUB_CONF 1 0<br>
     CHARGE 0<br>
     MULTIPLICITY 1<br>
   &END<br>
<br>
   &CONFIGURATION<br>
     GLB_CONF 0 1<br>
     SUB_CONF 0 1<br>
     CHARGE 0<br>
     MULTIPLICITY 1<br>
   &END<br>
   &CONFIGURATION<br>
     GLB_CONF 1 1<br>
     SUB_CONF 1 0<br>
     CHARGE 0<br>
     MULTIPLICITY 1<br>
   &END<br>
   &CONFIGURATION<br>
     GLB_CONF 1 1<br>
     SUB_CONF 0 1<br>
     CHARGE 0<br>
     MULTIPLICITY 1<br>
   &END<br>
  &END BSSE<br>
<br>
  &DFT<br>
    BASIS_SET_FILE_NAME /home/satya/basis/BASIS_MOLOPT<br>
    POTENTIAL_FILE_NAME /home/satya/basis/POTENTIAL<br>
    CHARGE = 0<br>
    &MGRID<br>
      CUTOFF 280<br>
      NGRIDS 5<br>
      REL_CUTOFF 40<br>
    &END MGRID<br>
    &QS<br>
      METHOD GPW<br>
      EPS_DEFAULT 1.0E-10<br>
    &END QS<br>
    &SCF<br>
#    SCF_GUESS RESTART <br>
      EPS_SCF 1.0E-7<br>
      MAX_SCF 500<br>
      &OT<br>
       MINIMIZER CG <br>
       PRECONDITIONER FULL_ALL<br>
       ENERGY_GAP 0.001<br>
      &END OT<br>
      &OUTER_SCF<br>
       EPS_SCF 1E-7<br>
       MAX_SCF 500<br>
      &END OUTER_SCF    <br>
    &END SCF<br>
    &XC<br>
     &XC_FUNCTIONAL BLYP<br>
      &END XC_FUNCTIONAL<br>
       &vdW_POTENTIAL<br>
        DISPERSION_FUNCTIONAL PAIR_POTENTIAL<br>
        &PAIR_POTENTIAL<br>
         TYPE DFTD3<br>
         REFERENCE_FUNCTIONAL BLYP<br>
         PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat<br>
        &END PAIR_POTENTIAL<br>
       &END vdW_POTENTIAL<br>
      &END XC<br>
  &END DFT<br>
<br>
  &SUBSYS<br>
    &CELL<br>
      ABC 30.41 30.41 13.1<br>
      ALPHA_BETA_GAMMA 90.0  90.  120.0 <br>
    &END CELL<br>
<br>
    &COORD<br>
     @INCLUDE final_coor.xyz<br>
    &END COORD<br>
<br>
    &KIND H_ghost<br>
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH<br>
      GHOST<br>
    &END KIND<br>
    &KIND C_ghost<br>
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH<br>
      GHOST<br>
    &END KIND<br>
    &KIND N_ghost<br>
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH<br>
      GHOST<br>
    &END KIND<br>
    &KIND O_ghost<br>
      BASIS_SET  DZVP-MOLOPT-SR-GTH<br>
      GHOST<br>
    &END KIND<br>
<br>
    &KIND H<br>
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH<br>
      POTENTIAL GTH-BLYP-q1<br>
    &END KIND<br>
    &KIND C<br>
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH<br>
      POTENTIAL GTH-BLYP-q4<br>
    &END KIND<br>
    &KIND N<br>
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH<br>
      POTENTIAL GTH-BLYP-q5<br>
    &END KIND<br>
    &KIND O<br>
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH<br>
      POTENTIAL GTH-BLYP-q6<br>
    &END KIND<br>
  &END SUBSYS<br>
<br>
&END FORCE_EVAL<br>
<br>
&GLOBAL<br>
  PROJECT cof3_co2<br>
  RUN_TYPE BSSE<br>
  PRINT_LEVEL MEDIUM<br>
&END GLOBAL<br>
<br>
<br>
  --<br>
 You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
 To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msg/cp2k/-/DYJ9Ihwxw_gJ" target="_blank">https://groups.google.com/d/msg/cp2k/-/DYJ9Ihwxw_gJ</a>.<br>
  To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
 To unsubscribe from this group, send email to <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
  For more options, visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>
<br>
<br>
--<br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
To unsubscribe from this group, send email to <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
For more options, visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Thank you...<br><br>B.Satyanarayana<br>Molecular modeling lab<br>JNCASR<br>Bangalore<br>
</div><div><br></div>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
To unsubscribe from this group, send email to <a href="mailto:cp2k+uns...@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>

For more options, visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>


</div></div><span><file></span></blockquote></div><br></div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div><br class="webkit-block-placeholder"></div>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
To unsubscribe from this group, send email to <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>

For more options, visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>


</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Thank you...<br><br>B.Satyanarayana<br>Molecular modeling lab<br>JNCASR<br>Bangalore<br>
</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
To unsubscribe from this group, send email to <a href="mailto:cp2k+uns...@googlegroups.com">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>

For more options, visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>


</blockquote></div><br></div></body></html>