<br>Dear ..<div><br></div><div>as the error message clearly states</div><div>*** Zero degrees of freedom. Nothing to thermalize! ***<br><br>your structure has 288 atoms, and you want 287 of them to be fixed. </div><div>Then you are left with 3 coordinates, by subtracting the three degrees of freedom for translational motion, </div><div>you are left with zero DoF..... the thermostat has nothing to thermalize</div><div><br></div><div>best</div><div>Marcella</div><div><br>On Friday, October 19, 2012 8:34:11 AM UTC+2, satya wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;">Hi all,<div>   I am running MD on BN system containing F atom. I came through this error. Can please suggest me what type of error this is and how to get rid of it..</div><div><div>******************************<wbr>******************************<wbr>*************</div><div> *** ERROR in nhc_to_particle_mapping (MODULE extended_system_mapping) ***</div><div> *****************************<wbr>******************************<wbr>**************</div><div><br></div><div> *** Zero degrees of freedom. Nothing to thermalize! ***</div><div><br></div><div> *** Program stopped at line number 192 of MODULE extended_system_mapping ***</div><div><br></div><div> ===== Routine Calling Stack ===== </div><div><br></div><div>            4 nhc_to_particle_mapping</div><div>            3 initialize_nhc_part</div><div>            2 qs_mol_dyn_low</div><div>            1 CP2K</div><div> CP2K| Abnormal program termination, stopped by process number 0</div><div>application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0</div></div><div><br></div></blockquote></div>