Thanks! Our matrices fit on one computer so the filter works for showing linear scaling for now.<div><br></div><div>-Adam<br><br>On Monday, August 27, 2012 2:35:28 AM UTC-6, Urban wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;">Hi Adam,
<br>
<br>On Fri, 2012-08-24 at 16:34 -0700, Adam wrote:
<br>> Hi,
<br>> 
<br>> 
<br>> I'm creating dbcsr matrices out of dense 2d fortran arrays. However
<br>> few elements are non-zero values, and I'd like to build a dbcsr matrix
<br>> in sparse format so I can see speed ups when doing multiplication. The
<br>> examples provided with the dbcsr package only show how to build dense
<br>> random matrices. Is there any examples on building sparse matrices, or
<br>> can you tell me how a sparse matrix is built? Right now timing my code
<br>> it is scaling closer to order n^3 than n. Any help is much
<br>> appreciated.
<br>
<br>There are generally two basic approaches to having a sparse matrix:
<br>either you know the sparsity pattern beforehand and store only the
<br>appropriate blocks in the matrix or you completely fill the matrix and
<br>then filter it (using the dbcsr_filter* subroutine(s)).  The latter is
<br>easier to do but it's really only a hack.  It only works in cases where
<br>dense the matrix fits in memory; however, since it's still distributed,
<br>it's usually not a show-stopper.
<br>
<br>Regards,
<br>Urban.
<br>
<br>> 
<br>> Thanks,
<br>> Adam
<br>> 
<br>> -- 
<br>> You received this message because you are subscribed to the Google
<br>> Groups "cp2k" group.
<br>> To view this discussion on the web visit
<br>> <a href="https://groups.google.com/d/msg/cp2k/-/sn_p2BvQTe0J" target="_blank">https://groups.google.com/d/<wbr>msg/cp2k/-/sn_p2BvQTe0J</a>.
<br>> To post to this group, send email to <a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="juWQCC9ygW8J">cp...@googlegroups.com</a>.
<br>> To unsubscribe from this group, send email to cp2k
<br>> +<a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="juWQCC9ygW8J">unsu...@googlegroups.com</a>.
<br>> For more options, visit this group at
<br>> <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/<wbr>group/cp2k?hl=en</a>.
<br>
<br>
<br></blockquote></div>