Hello,<br><br>You can dump psf file and pdb file with the command DUMP_PSF<br>http://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/SUBSYS/TOPOLOGY/DUMP_PSF.html<br>and DUMP_PDB<br>http://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/SUBSYS/TOPOLOGY/DUMP_PDB.html<br><br>I think this should work:<br>    &TOPOLOGY<br>      CONN_FILE_NAME INT.top<br>      CONNECTIVITY AMBER<br>      COORD_FILE_NAME ./INT.crd<br>      COORDINATE CRD<br>      &DUMP_PSF<br>      Filename ./INT.psf<br>      &END DUMP_PSF <br>      &DUMP_PDB<br>      Filename ./INT.pdb<br>      &END DUMP_PDB   <br>    &END TOPOLOGY<br><br>I used a fake run with<br>&GLOBAL<br>  RUN_TYPE ENERGY<br>  PRINT_LEVEL DEBUG<br>&END GLOBAL<br>just to get the psf and pdb.<br><br>Yours,<br><br>Chuong<br><br>Le jeudi 2 août 2012 01:48:51 UTC+2, Yue a écrit :<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;">Hello,<div><br></div><div>I'm trying to get a PSF file from AMBER topology file and PDB file in order to use 'MOLNAME' keyword in CONSTRAINT section for ease. Can anyone tell me which keyword I should put into the input file to have CP2K generate a PSF file? Or can anyone tell me how to use leap2fist? Thank you!</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Yue</div></blockquote>