Hello,<br><br>Sorry to bump in an old thread but how do you do a "fake run" to dump a psf and pdb file from the AMBER top/crd files? I also have need to convert amber topology to charmm topology for some reasons.<br><br>Yours,<br><br>Chuong<br><br>On Wednesday, June 22, 2011 12:02:58 PM UTC+2, marco.stenta wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;">Dear Teodoro,
<br>it worked:
<br>1) first fake run to dump psf and pdb
<br>2) editing the psf as to change the segment name of water molecule
<br>3) good run reading psf/pdb instead of top/crd (TOPOLOGY section)
<br>Thanks again
<br>m
<br></blockquote><br>On Wednesday, June 22, 2011 12:02:58 PM UTC+2, marco.stenta wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;">Dear Teodoro,
<br>it worked:
<br>1) first fake run to dump psf and pdb
<br>2) editing the psf as to change the segment name of water molecule
<br>3) good run reading psf/pdb instead of top/crd (TOPOLOGY section)
<br>Thanks again
<br>m
<br></blockquote><br>On Wednesday, June 22, 2011 12:02:58 PM UTC+2, marco.stenta wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;">Dear Teodoro,
<br>it worked:
<br>1) first fake run to dump psf and pdb
<br>2) editing the psf as to change the segment name of water molecule
<br>3) good run reading psf/pdb instead of top/crd (TOPOLOGY section)
<br>Thanks again
<br>m
<br></blockquote>