<br><br>On Sunday, April 29, 2012 3:36:18 PM UTC-4, steve t wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div style="word-wrap:break-word">yes, i understand that i can wrap everything into one cell but it would just be easier to check intermediate and final geometries if there were a way to have CP2K output geometries of both molecules in the same cell.  or, is there a visualization package that works well with CP2K?</div></blockquote><div><br></div><div>what works well depends a lot on what file formats you use</div><div>and how proficient you are in using the corresponding viz tool.</div><div>i use VMD in combination with psf + dcd format files and </div><div>wrapping coordinates is just one call to an bundled plugin.</div><div><br></div><div>however, it is often better to just enable periodic display</div><div>and get a better feel for how periodic boundaries would</div><div>affect the calculation, too.</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div style="word-wrap:break-word"><div><br></div><div><div>BTW, everything stays in the parent cell when alpha=beta=gamma=90 deg, so i wonder why it's different when alpha=beta=90 deg, gamma=120 deg.</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>the way downhill may be shorter and steeper,</div><div>when going to the neighboring cell?</div><div>hard to tell with only a vague description.</div><div><br></div><div>axel.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div style="word-wrap:break-word"><div><div><br></div><div>steve t</div><div><div><br></div><div><br><div><div>On Apr 25, 2012, at 9:18 PM, Axel wrote:</div><br><blockquote type="cite"><br><br>On Wednesday, April 25, 2012 8:54:45 PM UTC-4, steve t wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">Hey, I'm doing DFT optimization of a carbon nanotube and an aromatic   <br>hydrocarbon that should adsorb on the CNT via pi-pi stacking. <br> <br>The periodic cell has a=b=30 A, c=17 A; alpha=beta=90 deg, gamma=120   <br>deg (the tube axis is along the z direction).  The optimization   <br>completes but when I look at the final set of coordinates, the   <br>aromatic hydrocarbon is in the cell adjacent to the parent cell.  I've   <br>tried using @CENTER_COORDINATES but it doesn't help. <br> <br>Does anyone have any suggestions as to how to keep both molecules in   <br>the parent cell? <br></blockquote><div><br></div><div><br></div><div>why bother? they are identical due to PBC.</div><div>just wrap the coordinates back into the </div><div>principal cell and you are done.</div><div><br></div><div>axel.</div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"> <br>Thanks. <br> <br>Steve T <br></blockquote><div><br></div> -- <br> You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br> To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msg/cp2k/-/exBAOLt6lXwJ" target="_blank">https://groups.google.com/d/<wbr>msg/cp2k/-/exBAOLt6lXwJ</a>.<br> To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br> To unsubscribe from this group, send email to <a href="mailto:cp2k+uns...@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+unsubscribe@googlegroups.<wbr>com</a>.<br> For more options, visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/<wbr>group/cp2k?hl=en</a>.<br> </blockquote></div><br></div></div></div></div></blockquote>