<br><br>On Wednesday, April 25, 2012 8:54:45 PM UTC-4, steve t wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;">Hey, I'm doing DFT optimization of a carbon nanotube and an aromatic  
<br>hydrocarbon that should adsorb on the CNT via pi-pi stacking.
<br>
<br>The periodic cell has a=b=30 A, c=17 A; alpha=beta=90 deg, gamma=120  
<br>deg (the tube axis is along the z direction).  The optimization  
<br>completes but when I look at the final set of coordinates, the  
<br>aromatic hydrocarbon is in the cell adjacent to the parent cell.  I've  
<br>tried using @CENTER_COORDINATES but it doesn't help.
<br>
<br>Does anyone have any suggestions as to how to keep both molecules in  
<br>the parent cell?
<br></blockquote><div><br></div><div><br></div><div>why bother? they are identical due to PBC.</div><div>just wrap the coordinates back into the </div><div>principal cell and you are done.</div><div><br></div><div>axel.</div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;">
<br>Thanks.
<br>
<br>Steve T
<br></blockquote>