>From the information you have provided, nothing is clear to me. Which method would you like to use, umbrella sampling or  Thermodynamic integration ?<br><br>If you can tell me this, i may help you.<br><br><br>Regards,<br>Sandeep<br>
<br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Dec 10, 2011 at 8:59 PM, Ross, Sun <span dir="ltr"><<a href="mailto:sunshou...@yahoo.com.cn">sunshou...@yahoo.com.cn</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Hi everybody,<br>
Could anyone tell me how to get free energy with constrained MD?<br>
The input file in &MOTION like this:<br>
<br>
  &CONSTRAINT<br>
   &COLLECTIVE<br>
     COLVAR 1<br>
     INTERMOLECULAR<br>
     TARGET [angstrom] 1.2<br>
     TARGET_GROWTH [angstrom] 0.01<br>
     TARGET_LIMIT [angstrom] 3.0<br>
   &END COLLECTIVE<br>
  &END CONSTRAINT<br>
<br>
Thank you in advance.<br>
Best regards,<br>
sun<br>
<font color="#888888"><br>
--<br>
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<br>
</font></blockquote></div><br>