Dear Teo,<br>                Is that mean the problem is solved in new version of cp2k ? Can i download latest cp2k tar file and run the system?<br><br>Thanks.<br><br>Regards,<br>Sandeep<br><br><br><div class="gmail_quote">
On Fri, Nov 25, 2011 at 2:17 PM, Teodoro Laino <span dir="ltr"><<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div style="word-wrap:break-word">Bug is fixed in the CVS: only in the main branch.<div>Teo</div><div><br><div><div><div><div class="im"><div>On Nov 24, 2011, at 7:11 AM, Sandeep Kumar Reddy wrote:</div><br></div><blockquote type="cite">
<div><div class="h5">Dear all,<br>     I have a problem in restarting an MD run in which a bond is restrained using an harmonic potential. For convenience, i am using a simple system which describes the problem that i have. <br>
<br>Please
 find the enclosed files.  One (run-20steps.tar.gz) is run for 20 
steps.  And the other (run-10steps.tar.gz) is run for 10 steps intially,
 and later, it is ran for 10 steps by making restart option active. <br>
<br>Comparing COLVAR files in both of them (run-20steps & run-10steps/restart) ,  these two are not same.  <br><br>They show differences from 11th step onwards.  Following is the differences between two files.<br><br>

<b>run-20steps </b><br><br>         0.0      5.66918      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>
         0.5      5.66873      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         1.0      5.67069      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         1.5      5.67606      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>


         2.0      5.68504      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         2.5      5.69723      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         3.0      5.71350      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>


         3.5      5.73302      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         4.0      5.75500      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         4.5      5.78081      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>


         5.0      5.80860      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         5.5      5.83979      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         6.0      5.87412      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>


         6.5      5.91052      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         7.0      5.95146      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         7.5      5.99398      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>


         8.0      6.03912      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         8.5      6.08574      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         9.0      6.13265      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>


         9.5      6.18166      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>        10.0      6.23256      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br><br><b>run-10steps/restart :</b><br><br><br>         0.0      5.66918      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>


         0.5      5.66873      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         1.0      5.67069      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         1.5      5.67606      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>


         2.0      5.68504      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         2.5      5.69723      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         3.0      5.71350      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>


         3.5      5.73302      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         4.0      5.75500      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         4.5      5.78081      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>


         5.0      5.80860      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         5.0      5.80860      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         5.5      5.83553      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>


         6.0      5.86568      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         6.5      5.89804      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         7.0      5.93505      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>


         7.5      5.97381      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         8.0      6.01535      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         8.5      6.05853      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>


         9.0      6.10216      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         9.5      6.14804      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>        10.0      6.19596      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>


<br><br>After restart, both files do not reproduce the same numbers. I expect both runs should produce similar output. I tried many options, but nothing helped me.  Please help me in this regard.<br><br>Thanks.<br><br><br>

Regards,<br>Sandeep<br><div><br></div></div></div><div class="im">

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
To unsubscribe from this group, send email to <a href="mailto:cp2k+uns...@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>

For more options, visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>


<span><run-20steps.tar.gz></span><span><run-10steps.tar.gz></span></div></blockquote></div><br></div></div></div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5">

<p></p>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
To unsubscribe from this group, send email to <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>

For more options, visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>


</div></div></blockquote></div><br>