<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Dear Sandeep,<div><br></div><div>thank you. The message sent yesterday night was more than enough.</div><div>I will check this and come back to you at my soonest convenience.</div><div>Thanks</div><div>Teo</div><div><br></div><div><div><div><div>On Nov 24, 2011, at 7:11 AM, Sandeep Kumar Reddy wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Dear all,<br>     I have a problem in restarting an MD run in which a bond is restrained using an harmonic potential. For convenience, i am using a simple system which describes the problem that i have. <br><br>Please
 find the enclosed files.  One (run-20steps.tar.gz) is run for 20 
steps.  And the other (run-10steps.tar.gz) is run for 10 steps intially,
 and later, it is ran for 10 steps by making restart option active. <br>
<br>Comparing COLVAR files in both of them (run-20steps & run-10steps/restart) ,  these two are not same.  <br><br>They show differences from 11th step onwards.  Following is the differences between two files.<br><br>
<b>run-20steps </b><br><br>         0.0      5.66918      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>
         0.5      5.66873      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         1.0      5.67069      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         1.5      5.67606      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>

         2.0      5.68504      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         2.5      5.69723      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         3.0      5.71350      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>

         3.5      5.73302      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         4.0      5.75500      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         4.5      5.78081      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>

         5.0      5.80860      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         5.5      5.83979      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         6.0      5.87412      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>

         6.5      5.91052      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         7.0      5.95146      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         7.5      5.99398      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>

         8.0      6.03912      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         8.5      6.08574      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         9.0      6.13265      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>

         9.5      6.18166      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>        10.0      6.23256      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br><br><b>run-10steps/restart :</b><br><br><br>         0.0      5.66918      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>

         0.5      5.66873      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         1.0      5.67069      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         1.5      5.67606      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>

         2.0      5.68504      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         2.5      5.69723      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         3.0      5.71350      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>

         3.5      5.73302      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         4.0      5.75500      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         4.5      5.78081      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>

         5.0      5.80860      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         5.0      5.80860      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         5.5      5.83553      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>

         6.0      5.86568      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         6.5      5.89804      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         7.0      5.93505      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>

         7.5      5.97381      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         8.0      6.01535      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         8.5      6.05853      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>

         9.0      6.10216      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>         9.5      6.14804      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>        10.0      6.19596      0.00000      0.00000      0.00000      0.00000<br>

<br><br>After restart, both files do not reproduce the same numbers. I expect both runs should produce similar output. I tried many options, but nothing helped me.  Please help me in this regard.<br><br>Thanks.<br><br><br>
Regards,<br>Sandeep<br><div><br class="webkit-block-placeholder"></div>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
To unsubscribe from this group, send email to <a href="mailto:cp2k+uns...@googlegroups.com">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>

For more options, visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>


<span><run-20steps.tar.gz></span><span><run-10steps.tar.gz></span></blockquote></div><br></div></div></body></html>