Ciao Jacopo,<br>Thank you for your reply,<br>I will try also using 1400Mb of memory.<br><br>Giulia<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 13, 2011 at 11:56 AM, Jacopo Sgrignani <span dir="ltr"><<a href="mailto:sgr...@gmail.com">sgr...@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Ciao Giulia<br>
I've run a lot of QM/MM calculations on enzimes using QM/MM on SP6,<br>
and it usually works fine.<br>
However I don't use the cp2k version available with the module<br>
command, but I use a version recompiled by myself.<br>
Your system is really very big, but the QM region seems quite small<br>
then, i think, you should run also with 64 procs.<br>
<br>
Did you put this line in your submission script?<br>
# @ resources   = ConsumableMemory(1400Mb)<br>
<br>
Jacopo<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
2011/7/13 giulia palermo <<a href="mailto:giulia.p...@gmail.com">giulia.p...@gmail.com</a>>:<br>
<div><div></div><div class="h5">> Dear J.Sgrignani,<br>
> Yes, I am running on cineca SP6.<br>
> I will change the number of processors to 128 and 256 and I see what<br>
> will happens.<br>
><br>
> Thank you,<br>
> Giulia<br>
><br>
> On Jul 12, 10:50 pm, Jacopo Sgrignani <<a href="mailto:sgr...@gmail.com">sgr...@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> Hi Giulia<br>
>> Maybe you can solve the memory problem increasing the number of processors.<br>
>><br>
>> Are you running on the cineca SP6?<br>
>><br>
>> Jacopo<br>
>><br>
>> 2011/7/12, giulia palermo <<a href="mailto:giulia.p...@gmail.com">giulia.p...@gmail.com</a>>:<br>
>><br>
>> > Dear Dr. Laino,<br>
>> > probably CP2K is miscompiled in the machine that I were using. This<br>
>> > conclusion arises from the subsequent arguments:<br>
>><br>
>> > 1) Coping all the files to another machine the job has started, the<br>
>> > geometry optimization has finished properly again, and we are<br>
>> > currently running the MD simulation without problem for more than 100<br>
>> > steps.<br>
>><br>
>> > 2) As supposed by the system managers of the IBM sp6 machine, the most<br>
>> > common error that I had is related to memory:<br>
>><br>
>> > ATTENTION: 0031-408  64 tasks allocated by LoadLeveler, continuing...<br>
>> > ERROR: 0031-161  EOF on socket connection with node sp0025<br>
>><br>
>> > Even if my calculation are now running on an other machine, the<br>
>> > problem on the IBM sp6 machine persists.<br>
>> > How can be possible that other users of the sp6 are running cp2k,<br>
>> > using the same submission file, without any problem?<br>
>> > I will send an e-mail to the system manager ASAP.<br>
>><br>
>> > Thank you very much for your quick response.<br>
>> > Giulia Palermo<br>
>><br>
>> > On Jul 12, 4:07 pm, Teodoro Laino <<a href="mailto:teodor...@gmail.com">teodor...@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> >> Hi Giulia,<br>
>> >> it's not easy to say with these few info. Don't you get any error message<br>
>> >> from the OS?<br>
>> >> Neither locallog files?<br>
>><br>
>> >> Teo<br>
>><br>
>> >> On Jul 12, 2011, at 3:56 PM, giulia palermo wrote:<br>
>><br>
>> >> > Dear all,<br>
>> >> > I am a new cp2k user and I am working with a big enzyme/inhibitor system<br>
>> >> > (~180000 atoms) in order to study the covalent inhibition of the enzyme.<br>
>> >> > I am running the calculations on an IBM sp6 machine and I asked 64<br>
>> >> > processors for 05.55 hours (in order to quickly enter in the queue).<br>
>><br>
>> >> > I successfully did the first geometry optimization step for the QM part,<br>
>> >> > maintaining fixed the Classical enzymatic environment.<br>
>><br>
>> >> > Now I am trying to equilibrate the system in NVT ensemble at 300K,<br>
>> >> > asking 1000 steps (with a timestep of 0.5 fs).<br>
>> >> > Unfortunately, the calculation finishes after 40 steps even if the<br>
>> >> > Energy values seem to be good.<br>
>><br>
>> >> > I send an e-mail to the IBM-sp6 system managers. They reply that could<br>
>> >> > be a memory problem.<br>
>> >> > So, I tried several times to change the memory in the submission file<br>
>> >> > (run.ll that you will find in attachment),<br>
>> >> > but the problem persists.<br>
>><br>
>> >> > Have you any suggestion about what could be the problem?<br>
>> >> > You will also find in attachment the input file (md01.inp)<br>
>><br>
>> >> > Thank you<br>
>> >> > Giulia Palermo<br>
>><br>
>> >> > --<br>
>> >> > You received this message because you are subscribed to the Google<br>
>> >> > Groups "cp2k" group.<br>
>> >> > To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
>> >> > To unsubscribe from this group, send email to<br>
>> >> > <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
>> >> > For more options, visit this group<br>
>> >> > athttp://<a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>
>> >> > <md01.inp><run.ll><br>
>><br>
>> > --<br>
>> > You received this message because you are subscribed to the Google Groups<br>
>> > "cp2k" group.<br>
>> > To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
>> > To unsubscribe from this group, send email to<br>
>> > <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
>> > For more options, visit this group at<br>
>> ><a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>
><br>
> --<br>
> You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
> To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
> To unsubscribe from this group, send email to <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
> For more options, visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>
><br>
><br>
<br>
</div></div>--<br>
<div><div></div><div class="h5">You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
To unsubscribe from this group, send email to <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
For more options, visit this group at <a href="http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en" target="_blank">http://groups.google.com/group/cp2k?hl=en</a>.<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br>